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- PDB-8aqm: Crystal structure of PPARG and NCOR2 with an inverse agonist (com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aqm
タイトルCrystal structure of PPARG and NCOR2 with an inverse agonist (compound 6a)
要素
  • Nuclear receptor corepressor 2
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear hormone receptor transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Notch binding / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Regulation of MECP2 expression and activity / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / transcription repressor complex / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of angiogenesis / placenta development / cerebellum development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / HDACs deacetylate histones / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / enzyme activator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / nuclear matrix
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / Peroxisome proliferator-activated receptor / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / : / Nuclear hormone receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O2O / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Friberg, A. / Orsi, D.L. / Pook, E. / Braeuer, N. / Lemke, C.T. / Stellfeld, T. / Puetter, V. / Goldstein, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Structure-Based Design of Potent Covalent PPAR gamma Inverse-Agonists BAY-4931 and BAY-0069 .
著者: Orsi, D.L. / Pook, E. / Brauer, N. / Friberg, A. / Lienau, P. / Lemke, C.T. / Stellfeld, T. / Bruggemeier, U. / Putter, V. / Meyer, H. / Baco, M. / Tang, S. / Cherniack, A.D. / Westlake, L. / ...著者: Orsi, D.L. / Pook, E. / Brauer, N. / Friberg, A. / Lienau, P. / Lemke, C.T. / Stellfeld, T. / Bruggemeier, U. / Putter, V. / Meyer, H. / Baco, M. / Tang, S. / Cherniack, A.D. / Westlake, L. / Bender, S.A. / Kocak, M. / Strathdee, C.A. / Meyerson, M. / Eis, K. / Goldstein, J.T.
履歴
登録2022年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Nuclear receptor corepressor 2
D: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8186
ポリマ－69,0024
非ポリマー8162
水3,459192
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9093
ポリマ－34,5012
非ポリマー4081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9093
ポリマ－34,5012
非ポリマー4081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.060, 94.530, 114.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31862.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 2 / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone ...N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / T3 receptor-associating factor / TRAC / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor


分子量: 2638.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618
#3: 化合物 ChemComp-O2O / 2-chloranyl-~{N}-[2-(3-methylphenyl)-1,3-benzoxazol-5-yl]-5-nitro-benzamide


分子量: 407.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14ClN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6, 0.2M NH4Cl, 20% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.08 Å / Num. obs: 30160 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.0733 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 2000 / Rsym value: 0.703 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal

解像度: 2.3→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.033 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 1508 5 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.1948 28651 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.69 Å2 / Biso mean: 49.732 Å2 / Biso min: 18.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4273 0 56 192 4521
Biso mean--44.95 46.93 -
残基数----534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0144404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.6665924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9351.6439859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8895526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32723.865207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.31415850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9581518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02775
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 103 -
Rwork0.362 1967 -
obs--94.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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