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- PDB-8aqi: NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aqi
タイトルNanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site
要素NanoLuc luciferase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Luciferase / NanoLuc / NLuc / luciferin / coelenterazine
機能・相同性
機能・相同性情報


Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CEI / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Nemergut, M. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation22-09853S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase.
著者: Nemergut, M. / Pluskal, D. / Horackova, J. / Sustrova, T. / Tulis, J. / Barta, T. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Novakova, V. / Majerova, M. / Sedlackova, K. / Marques, S.M. / Toul, M. / ...著者: Nemergut, M. / Pluskal, D. / Horackova, J. / Sustrova, T. / Tulis, J. / Barta, T. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Novakova, V. / Majerova, M. / Sedlackova, K. / Marques, S.M. / Toul, M. / Damborsky, J. / Prokop, Z. / Bednar, D. / Janin, Y.L. / Marek, M.
履歴
登録2022年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NanoLuc luciferase
B: NanoLuc luciferase
C: NanoLuc luciferase
D: NanoLuc luciferase
E: NanoLuc luciferase
F: NanoLuc luciferase
G: NanoLuc luciferase
H: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,05128
ポリマ－163,1148
非ポリマー1,93720
水6,125340
1
A: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8724
ポリマ－20,3891
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6905
ポリマ－20,3891
非ポリマー3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6193
ポリマ－20,3891
非ポリマー2302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4603
ポリマ－20,3891
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4603
ポリマ－20,3891
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6544
ポリマ－20,3891
非ポリマー2653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8363
ポリマ－20,3891
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: NanoLuc luciferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4603
ポリマ－20,3891
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.979, 87.282, 191.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-202-

CL

21G-342-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
NanoLuc luciferase / 19kOLase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit


分子量: 20389.240 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE / セレンテラミド


分子量: 411.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.485
11-h,-k,l20.166
11-K, -H, -L30.18
11K, H, -L40.169
反射解像度: 1.99→47.88 Å / Num. obs: 96944 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.03 Å / Num. unique obs: 8970 / CC1/2: 0.36

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8AQ6

8aq6


解像度: 1.99→44.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.962 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.0404 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2074 4918 5.1 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1894 91015 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.24 Å2 / Biso mean: 34.215 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.73 Å2-0 Å24.15 Å2
2--12.55 Å20 Å2
3----16.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→44.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10816 0 116 340 11272
Biso mean--23.05 35.53 -
残基数----1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01311172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01710493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2461.64115161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.58724256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.60851366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32222.991565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.531151865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1471557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022353
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.045 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.589 295 -
Rwork0.566 5783 -
all-6078 -
obs--84.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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