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万見
- PDB-8aqh: NanoLuc-Y94A luciferase mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aqh
タイトルNanoLuc-Y94A luciferase mutant
要素NanoLuc luciferase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Luciferase / NanoLuc / NLuc / luciferin / furimazine
機能・相同性Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / Calycin / extracellular region / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
機能・相同性情報
生物種Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Nemergut, M. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation22-09853S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase.
著者: Nemergut, M. / Pluskal, D. / Horackova, J. / Sustrova, T. / Tulis, J. / Barta, T. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Novakova, V. / Majerova, M. / Sedlackova, K. / Marques, S.M. / Toul, M. / ...著者: Nemergut, M. / Pluskal, D. / Horackova, J. / Sustrova, T. / Tulis, J. / Barta, T. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Novakova, V. / Majerova, M. / Sedlackova, K. / Marques, S.M. / Toul, M. / Damborsky, J. / Prokop, Z. / Bednar, D. / Janin, Y.L. / Marek, M.
履歴
登録2022年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NanoLuc luciferase
B: NanoLuc luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5942
ポリマ－40,5942
非ポリマー00
水28816
1
A: NanoLuc luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2971
ポリマ－20,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NanoLuc luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2971
ポリマ－20,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.449, 86.473, 96.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 NanoLuc luciferase / 19kOLase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit


分子量: 20297.143 Da / 分子数: 2 / 変異: Y94A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.798→48.12 Å / Num. obs: 9193 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.798→2.95 Å / Num. unique obs: 897 / CC1/2: 0.28

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8AQ6

8aq6


解像度: 2.798→43.224 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.28 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3048 430 4.68 %
Rwork0.2614 8690 -
obs0.2762 9193 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.41 Å2 / Biso mean: 67.2789 Å2 / Biso min: 21.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.798→43.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2686 0 0 16 2702
Biso mean---40.75 -
残基数----342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8064-3.21210.3821510.34042848299995
3.2121-4.04510.37141140.2942872298696
4.0451-29.13570.27831650.25112970313595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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