PDB-8aqf: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MONOGLYCERIDE LIPASE WITH COMPOUND LEI-515

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aqf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MONOGLYCERIDE LIPASE WITH COMPOUND LEI-515

要素

Monoglyceride lipase

キーワード

HYDROLASE / Monoacylglycerol lipase / MAGL / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate production from DAG / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jiang, M. / Huizenga, M. / Wirt, J. / Paloczi, J. / Amedi, A. / van der Berg, R. / Benz, J. / Collin, L. / Deng, H. / Driever, W. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A monoacylglycerol lipase inhibitor showing therapeutic efficacy in mice without central side effects or dependence.
著者: Jiang, M. / Huizenga, M.C.W. / Wirt, J.L. / Paloczi, J. / Amedi, A. / van den Berg, R.J.B.H.N. / Benz, J. / Collin, L. / Deng, H. / Di, X. / Driever, W.F. / Florea, B.I. / Grether, U. / ...

履歴

登録	2022年8月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aqf.cif.gz	130.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aqf.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aqf_validation.pdf.gz	710 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aqf_full_validation.pdf.gz	711.4 KB	表示
XML形式データ	8aqf_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	8aqf_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/8aqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/8aqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pe6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.625, 127.568, 60.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Monoglyceride lipase / MGL / HU-K5 / Lysophospholipase homolog / Lysophospholipase-like / Monoacylglycerol lipase / MAGL 分子量: 35465.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99685, acylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-NUX / 1-[(~{R})-[2-chloranyl-4-[(2~{S},3~{S})-4-(3-chlorophenyl)-2,3-dimethyl-piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]sulfinyl]-3,3-bis(fluoranyl)pentan-2-one / 1-[2-chloranyl-4-[(2~{S},3~{S})-4-(3-chlorophenyl)-2,3-dimethyl-piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]sulfinyl-3,3-bis(fluoranyl)pentan-2-one 分子量: 531.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆Cl₂F₂N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M MES pH 6.5, 6 to 13% PEG MME5K, 12% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00009 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→45.81 Å / Num. obs: 51415 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.62 % / CC_1/2: 0.9985 / R_sym value: 0.0631 / Net I/σ(I): 11.69
反射シェル	解像度: 1.55→1.65 Å / Num. unique obs: 8639 / CC_1/2: 0.5966 / R_sym value: 0.7885

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PE6

3pe6

解像度: 1.55→45.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 3.972 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1781	2472	4.812 %
R_work	0.1544	48898	-
all	0.155	-	-
obs	-	51370	99.521 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.073 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.711 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.048 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.663 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→45.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2238	0	34	320	2592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.019	1.634	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.53	1.585	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.378	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.594	21.727	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.443	15	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.641	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.359	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.875	2.162	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.872	2.16	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.637	3.234	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.638	3.236	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.786	2.457	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.785	2.458	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.304	3.573	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.303	3.573	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.965	28.578	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.687	27.202	2752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.362	194	0.358	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.0948
1.59-1.634	0.302	188	0.306	3472	X-RAY DIFFRACTION	99.3755
1.634-1.681	0.29	161	0.266	3415	X-RAY DIFFRACTION	99.8604
1.681-1.733	0.328	140	0.26	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.7116
1.733-1.79	0.24	159	0.223	3205	X-RAY DIFFRACTION	99.4384
1.79-1.853	0.206	152	0.195	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.5696
1.853-1.922	0.223	163	0.2	2949	X-RAY DIFFRACTION	98.7936
1.922-2.001	0.169	134	0.164	2904	X-RAY DIFFRACTION	99.5739
2.001-2.09	0.166	150	0.149	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.112
2.09-2.192	0.191	144	0.135	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.4996
2.192-2.31	0.164	155	0.131	2488	X-RAY DIFFRACTION	98.9147
2.31-2.45	0.145	124	0.114	2397	X-RAY DIFFRACTION	99.9207
2.45-2.619	0.154	129	0.122	2262	X-RAY DIFFRACTION	99.9582
2.619-2.829	0.145	83	0.12	2115	X-RAY DIFFRACTION	99.7278
2.829-3.098	0.157	107	0.125	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.463	0.192	67	0.146	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.8926
3.463-3.997	0.178	61	0.147	1607	X-RAY DIFFRACTION	99.8205
3.997-4.892	0.136	76	0.12	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.929
4.892-6.904	0.195	57	0.177	1060	X-RAY DIFFRACTION	99.9106
6.904-45.81	0.145	28	0.175	632	X-RAY DIFFRACTION	99.0991

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 120.3284 Å / Origin y: 19.9573 Å / Origin z: -0.7198 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0036 Å²	0.0028 Å²	0.0057 Å²	-	0.0601 Å²	0.0078 Å²	-	-	0.0783 Å²
L	0.1798 °²	-0.1824 °²	0.0036 °²	-	1.3934 °²	-0.021 °²	-	-	1.0209 °²
S	-0.0142 Å °	-0.0072 Å °	0.0111 Å °	0.0005 Å °	-0.034 Å °	-0.056 Å °	0.0466 Å °	0.0594 Å °	0.0482 Å °

精密化 TLSグループ

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関連情報:EMDBヘッダ

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