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万見
- PDB-8aq8: FAD-dependent monooxygenase from Stenotrophomonas maltophilia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aq8
タイトルFAD-dependent monooxygenase from Stenotrophomonas maltophilia
要素Monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / FAD-dependent / Antibiotic resistance
機能・相同性FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Monooxygenase
機能・相同性情報
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Maly, M. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Skalova, T. / Dohnalek, J.
資金援助European Union, チェコ, 5件
組織認可番号国
European Regional Development FundNo. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447European Union
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas maltophilia.
著者: Maly, M. / Kolenko, P. / Stransky, J. / Svecova, L. / Duskova, J. / Koval', T. / Skalova, T. / Trundova, M. / Adamkova, K. / Cerny, J. / Bozikova, P. / Dohnalek, J.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Monooxygenase
BBB: Monooxygenase
CCC: Monooxygenase
DDD: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,96425
ポリマ－156,7174
非ポリマー4,24721
水20,0151111
1
AAA: Monooxygenase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Monomer - SAXS data fit monomeric model with chi squared equal 1.05 (GNOM)., gel filtration, Monomer - estimated molar mass is 40 kDa (calibration curve of Superdex 75 Increase 10/300 GL).
  • 40.5 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4859
ポリマ－39,1791
非ポリマー1,3058
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1245
ポリマ－39,1791
非ポリマー9454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1866
ポリマ－39,1791
非ポリマー1,0075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
DDD: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1685
ポリマ－39,1791
非ポリマー9894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.932, 160.535, 95.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.914, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB
32AAA
42CCC
53AAA
63DDD
74BBB
84CCC
95BBB
105DDD
116CCC
126DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 3 - 357 / Label seq-ID: 5 - 359

Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
111AAAA
221BBBB
332AAAA
442CCCC
553AAAA
663DDDD
774BBBB
884CCCC
995BBBB
10105DDDD
11116CCCC
12126DDDD

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
Monooxygenase


分子量: 39179.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAD-dependent protein. The reference UniProt sequence A0A2Y9UCL1 is not the sequence of the target protein. The real sequence of the target protein is the NCBI reference sequence WP_049406473. ...詳細: FAD-dependent protein. The reference UniProt sequence A0A2Y9UCL1 is not the sequence of the target protein. The real sequence of the target protein is the NCBI reference sequence WP_049406473.1 from the complete genome of Stenotrophomonas maltophilia, strain AB550, GenBank entry CP028899.1.
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
遺伝子: B9Y88_09170 / プラスミド: pET28a+TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo / 参照: UniProt: A0A2Y9UCL1

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非ポリマー , 7種, 1132分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: Plate-shaped
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 24% (v/v) ethylene glycol, 60 mM sodium nitrate, 60 mM disodium hydrogen phosphate, 60 mM ammonium sulfate, 100 mM MES/imidazole pH 6.5, 4% acetone

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.26 Å / Num. obs: 98291 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4915 / CC1/2: 0.378 / Rpim(I) all: 0.729 / Rrim(I) all: 1.702 / % possible all: 48.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
MoRDa位相決定
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N04

6n04


解像度: 1.95→48.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / SU B: 5.09 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.201
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 5781 5 %Random selection
Rwork0.2002 98291 --
all0.202 ---
obs0.2022 98291 85.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.027 Å20 Å2-0.047 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10327 0 276 1111 11714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01310966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01510290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.63714942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3141.57723540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67451393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30820.215605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.848151661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.71215116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22068
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.29629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.25099
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.25235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0490.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1210.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1390.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7282.8325504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7292.8325503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3844.2296874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3754.2276869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1893.1995462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1893.1995463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1364.658057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1364.658058
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.86233.61612254
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.79933.25812019
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0630.0510554
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0560.0510620
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0660.0510514
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0590.0510545
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0570.0510476
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0640.0510467
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.062570.05009
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.062570.05009
23AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056180.05009
24CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056180.05009
35AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.065540.05009
36DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.065540.05009
47BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.059250.05008
48CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.059250.05008
59BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056970.05009
510DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056970.05009
611CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.064140.05008
612DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.064140.05008
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 195 -
Rwork0.336 --
all0.337 3966 -
obs-3771 46.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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