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- PDB-8aq0: Crystal structure of L-N-Carbamoylase from Sinorhizobium meliloti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aq0
タイトルCrystal structure of L-N-Carbamoylase from Sinorhizobium meliloti mutant L217G/F329C
要素N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
キーワードHYDROLASE / peptidase family M20/M25/M40
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / amino acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NV6 / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Mayer, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)VENI 722.017.007 オランダ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Selecting Better Biocatalysts by Complementing Recoded Bacteria.
著者: Rubini, R. / Jansen, S.C. / Beekhuis, H. / Rozeboom, H.J. / Mayer, C.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
B: N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,84713
ポリマ－93,8782
非ポリマー96911
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area28160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.569, 42.047, 137.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / Hydantoin utilization protein C / L-N-carbamoylase


分子量: 46939.109 Da / 分子数: 2 / 変異: L217G/F329C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 21 residues are expression tag / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: hyuC / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DTN4, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 136分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-NV6 / (2~{S})-2-(aminocarbonylamino)-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid / N-(アミノカルボニル)-L-チロシン


分子量: 224.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / Density meas: 38 Mg/m3 / 溶媒含有率: 39.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM K,Na-phosphate, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20 % PEG3350
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99.23 Å / Num. obs: 33664 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 199896
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / Num. unique obs: 2938 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 1.048 / % possible all: 89.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.57 Å99.23 Å
Translation6.57 Å99.23 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF model

解像度: 2.3→99.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 20.062 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 1807 5.4 %RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.1761 31851 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.9 Å2 / Biso mean: 50.557 Å2 / Biso min: 29.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å2-2.77 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→99.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6188 0 41 125 6354
Biso mean--74.1 42.15 -
残基数----820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0126385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.6388622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4921.55313386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3585818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.7881046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.118101034
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021244
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 107 -
Rwork0.323 2097 -
all-2204 -
obs--87.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3814-0.01210.29661.6926-0.78363.7323-0.0480.2562-0.048-0.1735-0.0022-0.2198-0.03750.11110.05020.1101-0.02320.10030.197-0.00570.1537-44.874.96-43.277
20.53910.0564-0.2120.0739-0.18572.0197-0.02230.01080.05380.03130.0438-0.0301-0.2459-0.4045-0.02150.19620.04780.0670.28450.00520.1527-56.3527.67-20.997
32.6778-0.0344-0.96182.7592-1.589324.16150.06080.0660.0805-0.0989-0.0878-0.0031-1.1335-0.67150.0270.27240.07380.00620.1876-0.03710.292-56.21815.47-13.424
41.8741-0.07660.78352.0305-0.54673.33-0.11070.2075-0.0062-0.21180.16410.083-0.0387-0.5627-0.05350.1148-0.05870.07240.3610.00380.0844-60.7022.345-45.769
52.4801-0.48471.93532.43170.17275.6677-0.0345-0.08850.392-0.3012-0.0824-0.3369-0.29950.44160.11690.1618-0.12990.13450.3091-0.0440.2461-21.6957.11910.525
61.6374-0.28270.52291.2922-0.15582.67260.0684-0.1774-0.0769-0.31770.0799-0.11560.17810.2242-0.14830.1556-0.05080.10090.2866-0.01150.1296-27.39-4.66812.2
71.21070.45050.31360.2416-0.4083.9750.0631-0.133-0.12340.0204-0.0517-0.02860.0619-0.1296-0.01140.18850.01230.05040.25650.02020.1985-54.35-6.295-5.299
81.31330.00870.48891.21980.31252.9605-0.0435-0.47120.0366-0.01880.15740.0504-0.1051-0.1757-0.11390.0899-0.04520.09050.348-0.01840.1437-34.4441.08422.734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2A173 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3A315 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4A330 - 415
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6B60 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7B216 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8B330 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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