PDB-8apw: Crystal Structure of H. influenzae TrmD in complex with Compound 30

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8apw

タイトル

Crystal Structure of H. influenzae TrmD in complex with Compound 30

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hall, G. / Cowan, R. / Carr, M.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Evaluating the druggability of TrmD, a potential antibacterial target, through design and microbiological profiling of a series of potent TrmD inhibitors.
著者: Wilkinson, A.J. / Ooi, N. / Finlayson, J. / Lee, V.E. / Lyth, D. / Maskew, K.S. / Newman, R. / Orr, D. / Ansell, K. / Birchall, K. / Canning, P. / Coombs, P. / Fusani, L. / McIver, E. / ...

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8apw.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8apw.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8apw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8apw_validation.pdf.gz	793 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8apw_full_validation.pdf.gz	797.4 KB	表示
XML形式データ	8apw_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8apw_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aptC 8apuC 8apvC 4yvhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.367, 94.367, 178.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-736- HOH
2	1	A-790- HOH
3	1	A-791- HOH
4	1	A-792- HOH
5	1	A-810- HOH
6	1	A-817- HOH

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 29750.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: PittGG / 遺伝子: trmD, CGSHiGG_03625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5UG04, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-NL1 / 1-[2-oxidanylidene-2-(piperidin-4-ylamino)ethyl]pyrrolo[2,3-b]pyridine-5-carboxamide 分子量: 301.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350 0.1 M HEPES, pH 7.5 0.1 M potassium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.228 Å / Num. obs: 28538 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.019 / Num. unique obs: 1642 / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.021

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YVH

4yvh

解像度: 1.8→47.228 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.422 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	2754	9.651 %
R_work	0.1677	25782	-
all	0.171	-	-
obs	-	28536	99.658 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1965	0	35	317	2317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.013	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.445	1.643	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.593	1.58	4533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.648	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.476	21.574	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	5.126	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.87	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.605	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.293	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.418	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.914	2.318	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.912	2.316	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.161	3.447	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.159	3.45	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.419	2.723	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.416	2.722	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.212	3.899	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.21	3.9	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.979	29.701	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.779	28.53	2342

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.301	170	0.275	1873	X-RAY DIFFRACTION	97.7512
1.847-1.897	0.268	203	0.23	1801	X-RAY DIFFRACTION	98.963
1.897-1.952	0.232	198	0.202	1787	X-RAY DIFFRACTION	99.5986
1.952-2.012	0.223	176	0.184	1766	X-RAY DIFFRACTION	99.692
2.012-2.078	0.224	179	0.179	1671	X-RAY DIFFRACTION	99.7842
2.078-2.151	0.208	177	0.169	1622	X-RAY DIFFRACTION	99.8335
2.151-2.232	0.182	175	0.153	1578	X-RAY DIFFRACTION	99.943
2.232-2.323	0.185	167	0.159	1513	X-RAY DIFFRACTION	99.9405
2.323-2.427	0.209	175	0.163	1454	X-RAY DIFFRACTION	99.9387
2.427-2.545	0.218	153	0.15	1392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.682	0.198	138	0.147	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.682-2.845	0.21	137	0.168	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.041	0.222	135	0.186	1183	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
3.041-3.284	0.221	109	0.171	1120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.284-3.597	0.19	118	0.155	1021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.597-4.02	0.178	95	0.145	949	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.64	0.154	91	0.144	821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.677	0.144	76	0.155	720	X-RAY DIFFRACTION	100
5.677-8.005	0.227	56	0.198	565	X-RAY DIFFRACTION	100
8.005-47.228	0.288	26	0.17	346	X-RAY DIFFRACTION	98.9362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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