PDB-8apv: Crystal Structure of H. influenzae TrmD in complex with Compound 27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8apv

タイトル

Crystal Structure of H. influenzae TrmD in complex with Compound 27

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hall, G. / Cowan, R. / Carr, M.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Evaluating the druggability of TrmD, a potential antibacterial target, through design and microbiological profiling of a series of potent TrmD inhibitors.
著者: Wilkinson, A.J. / Ooi, N. / Finlayson, J. / Lee, V.E. / Lyth, D. / Maskew, K.S. / Newman, R. / Orr, D. / Ansell, K. / Birchall, K. / Canning, P. / Coombs, P. / Fusani, L. / McIver, E. / ...

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8apv.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8apv.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8apv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8apv_validation.pdf.gz	736 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8apv_full_validation.pdf.gz	737.3 KB	表示
XML形式データ	8apv_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	8apv_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aptC 8apuC 8apwC 4yvhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.630, 94.630, 178.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 29750.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: PittGG / 遺伝子: trmD, CGSHiGG_03625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5UG04, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NLL / 1-[[4-(aminomethyl)phenyl]methyl]pyrrolo[2,3-b]pyridine-5-carboxamide 分子量: 280.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350 0.1 M HEPES, pH 7.5 0.1 M potassium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.36 Å / Num. obs: 12287 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.929 / Num. unique obs: 1275 / CC_1/2: 0.696 / R_pim(I) all: 0.624 / R_rim(I) all: 1.124

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YVH

4yvh

解像度: 2.4→47.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 7.446 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.26 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	588	4.786 %
R_work	0.1777	11699	-
all	0.181	-	-
obs	-	12287	99.886 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.104 Å²	0.052 Å²	0 Å²
2-	-	0.104 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.339 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1947	0	34	94	2075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.898	1.643	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.392	1.582	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.431	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.4	21.524	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.295	15	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.031	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.445	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.479	2.943	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.471	2.941	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.143	4.396	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.144	4.4	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.91	3.289	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.908	3.285	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.864	4.757	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.862	4.76	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.639	33.267	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.634	33.237	2232

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.303	38	0.21	844	X-RAY DIFFRACTION	99.7738
2.462-2.53	0.284	39	0.206	844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.259	41	0.199	819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.344	40	0.202	763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.339	32	0.214	781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.281	39	0.189	733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.21	45	0.19	701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.097	0.266	35	0.189	690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.235	0.228	35	0.186	661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.393	0.275	34	0.194	626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.576	0.274	27	0.189	592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.792	0.208	27	0.155	593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.792-4.053	0.202	34	0.156	530	X-RAY DIFFRACTION	100
4.053-4.377	0.2	26	0.151	498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.377-4.793	0.223	22	0.139	481	X-RAY DIFFRACTION	99.8016
4.793-5.356	0.191	16	0.133	423	X-RAY DIFFRACTION	99.5465
5.356-6.179	0.256	18	0.181	378	X-RAY DIFFRACTION	100
6.179-7.555	0.276	19	0.194	323	X-RAY DIFFRACTION	100
7.555-10.629	0.14	10	0.141	264	X-RAY DIFFRACTION	100
10.629-47.36	0.612	11	0.245	155	X-RAY DIFFRACTION	96.5116

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)