PDB-8apt: Crystal Structure of H. influenzae TrmD in complex with Compound 13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8apt

タイトル

Crystal Structure of H. influenzae TrmD in complex with Compound 13

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hall, G. / Cowan, R. / Carr, M.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Evaluating the druggability of TrmD, a potential antibacterial target, through design and microbiological profiling of a series of potent TrmD inhibitors.
著者: Wilkinson, A.J. / Ooi, N. / Finlayson, J. / Lee, V.E. / Lyth, D. / Maskew, K.S. / Newman, R. / Orr, D. / Ansell, K. / Birchall, K. / Canning, P. / Coombs, P. / Fusani, L. / McIver, E. / ...

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8apt.cif.gz	123.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8apt.ent.gz	92.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8apt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8apt_validation.pdf.gz	756.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8apt_full_validation.pdf.gz	759.2 KB	表示
XML形式データ	8apt_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	8apt_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8apuC 8apvC 8apwC 4yvhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.671, 94.671, 177.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-615- HOH
2	1	A-654- HOH
3	1	A-742- HOH
4	1	A-773- HOH
5	1	A-794- HOH
6	1	A-812- HOH
7	1	A-816- HOH

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 29750.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: PittGG / 遺伝子: trmD, CGSHiGG_03625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5UG04, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NN9 / 6-[[3-(aminomethyl)phenyl]methylamino]pyridine-3-carboxamide 分子量: 256.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350 0.1 M HEPES, pH 7.5 0.1 M potassium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.38 Å / Num. obs: 28700 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.186 / Num. unique obs: 1639 / CC_1/2: 0.559 / R_pim(I) all: 0.643 / R_rim(I) all: 1.357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YVH

4yvh

解像度: 1.8→47.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.287 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	2931	10.213 %
R_work	0.1613	25767	-
all	0.163	-	-
obs	-	28698	99.805 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.697 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0.001 Å²	0 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1947	0	32	416	2395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.847	1.643	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.521	1.582	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.534	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.577	21.524	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.019	15	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.995	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.33	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.412	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.158	1.62	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.147	1.618	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.931	2.416	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.931	2.419	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.338	1.933	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.319	1.929	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.899	2.757	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.897	2.759	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.218	22.876	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.667	20.855	2299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.294	205	0.283	1830	X-RAY DIFFRACTION	97.6956
1.847-1.897	0.254	183	0.231	1868	X-RAY DIFFRACTION	99.9513
1.897-1.952	0.214	220	0.208	1776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.012	0.199	213	0.182	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.212	214	0.18	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.188	148	0.162	1669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.165	183	0.153	1576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.323	0.163	173	0.149	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.427	0.178	191	0.145	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.151	160	0.147	1391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.682	0.159	161	0.147	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.682-2.845	0.17	139	0.146	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.041	0.178	139	0.158	1183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.284	0.165	120	0.155	1124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.284-3.597	0.158	102	0.149	1037	X-RAY DIFFRACTION	100
3.597-4.02	0.157	122	0.131	922	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.64	0.175	79	0.13	840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.677	0.148	85	0.14	714	X-RAY DIFFRACTION	100
5.677-8.006	0.262	64	0.195	554	X-RAY DIFFRACTION	100
8.006-47.38	0.151	30	0.194	345	X-RAY DIFFRACTION	98.1675

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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