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- PDB-8aok: Complex of PD-L1 with VHH6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aok
タイトルComplex of PD-L1 with VHH6
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 1
  • VHH 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Single domain antibody / VHH / programmed cell death 1 ligand 1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / OXAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kang-Pettinger, T. / Hall, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Identification, binding, and structural characterization of single domain anti-PD-L1 antibodies inhibitory of immune regulatory proteins PD-1 and CD80.
著者: Kang-Pettinger, T. / Walker, K. / Brown, R. / Cowan, R. / Wright, H. / Baravalle, R. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Bowler, M.W. / Sawmynaden, K. / Coombs, P.J. / Carr, M.D. / Hall, G.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: VHH 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,12611
ポリマ－27,2952
非ポリマー8329
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area11790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)99.575, 99.575, 171.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

HOH

21A-431-

HOH

31A-445-

HOH

41B-349-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 13395.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): * / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 抗体 VHH 6


分子量: 13899.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): *

-
非ポリマー , 7種, 320分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES:MOPS, pH 7.5, 0.02 M Ammonium acetate, 0.02 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02 M Sodium formate, 0.02M Sodium oxamate, 10% ...詳細: 0.1 M HEPES:MOPS, pH 7.5, 0.02 M Ammonium acetate, 0.02 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02 M Sodium formate, 0.02M Sodium oxamate, 10% (w/v) PEG 20000 and 20% (v/v) PEG 500-MME.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.1 Å / Num. obs: 56912 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.76-43.150.0224020.9990.0150.027
1.6-1.635.61.11927910.5360.7771.369

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BIS

3bis


解像度: 1.6→43.094 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 2852 5.014 %
Rwork0.1623 54032 -
all0.163 --
obs-56884 99.83 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.435 Å20 Å20 Å2
2--0.435 Å2-0 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1903 0 55 311 2269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0132033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0151899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1381.6462741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3911.5834368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0175257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.65421.909110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg4.944101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43115335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3761514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2310.21785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2949
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0910.21019
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2360.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3210.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3180.243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0720.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4822.301987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4812.306988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3423.4291233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3473.4321234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9572.7361046
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9582.7311045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5863.8991500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5853.9031501
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.43128.7412330
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.43328.7522331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.3032400.2943910X-RAY DIFFRACTION99.9518
1.642-1.6870.291980.2753879X-RAY DIFFRACTION99.9755
1.687-1.7350.2442040.2463729X-RAY DIFFRACTION100
1.735-1.7890.2452150.2273614X-RAY DIFFRACTION100
1.789-1.8470.2571680.2083550X-RAY DIFFRACTION99.9731
1.847-1.9120.2382030.1913396X-RAY DIFFRACTION99.9722
1.912-1.9840.1961730.173308X-RAY DIFFRACTION99.9139
1.984-2.0650.1891670.1653181X-RAY DIFFRACTION99.9403
2.065-2.1570.1811520.1653069X-RAY DIFFRACTION99.9379
2.157-2.2620.1961480.1552936X-RAY DIFFRACTION100
2.262-2.3850.1461400.1422780X-RAY DIFFRACTION99.6587
2.385-2.5290.1611280.1412662X-RAY DIFFRACTION99.9284
2.529-2.7040.1761290.1412498X-RAY DIFFRACTION100
2.704-2.920.1671180.1442341X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.1980.1691020.1572159X-RAY DIFFRACTION99.6914
3.198-3.5750.181960.1531945X-RAY DIFFRACTION99.174
3.575-4.1270.169830.1381740X-RAY DIFFRACTION99.2919
4.127-5.0520.122860.1251483X-RAY DIFFRACTION99.619
5.052-7.1320.206670.1731164X-RAY DIFFRACTION99.3543
7.132-43.0940.205350.193688X-RAY DIFFRACTION97.047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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