PDB-8aom: Complex of PD-L1 with VHH1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aom

タイトル

Complex of PD-L1 with VHH1

要素

Programmed cell death 1 ligand 1
VHH6

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Single domain antibody / VHH / programmed cell death 1 ligand 1

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Kang-Pettinger, T. / Hall, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Identification, binding, and structural characterization of single domain anti-PD-L1 antibodies inhibitory of immune regulatory proteins PD-1 and CD80.
著者: Kang-Pettinger, T. / Walker, K. / Brown, R. / Cowan, R. / Wright, H. / Baravalle, R. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Bowler, M.W. / Sawmynaden, K. / Coombs, P.J. / Carr, M.D. / Hall, G.

履歴

登録	2022年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aom.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aom.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aom_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aom_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	8aom_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8aom_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aokC 4zqkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (4) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (4)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

V: VHH6

ヘテロ分子

38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.512, 149.512, 149.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 分子量: 25456.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): * / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 抗体	VHH6 分子量: 13039.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): *
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M MOPS, pH 7.5, and 12% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.965459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.324 Å / Num. obs: 28213 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.08-47.28	7.4	0.043	436	0.978	0.022	0.049
2.2-2.27	7.1	1.93	2424	0.287	1.116	2.244

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZQK

4zqk

解像度: 2.202→47.324 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2447	1417	5.023 %
R_work	0.208	26795	-
all	0.21	-	-
obs	-	28212	99.862 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→47.324 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2636	0	1	46	2683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.646	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.368	1.58	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.684	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.13	22.535	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.325	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.815	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.233	0.2	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.355	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.051	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.938	7.07	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.873	7.067	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.108	10.593	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.108	10.597	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.853	7.845	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.836	7.842	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.942	11.455	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.939	11.457	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.438	79.126	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.455	79.153	2722

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.202-2.259	0.376	100	0.365	1975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.321	0.37	87	0.351	1912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.388	0.397	95	0.334	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.461	0.335	110	0.31	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.461-2.542	0.364	81	0.312	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.9467
2.542-2.631	0.332	79	0.281	1716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.631-2.73	0.304	94	0.251	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.842	0.284	96	0.226	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.842-2.968	0.294	85	0.227	1514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.113	0.297	79	0.226	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.113-3.281	0.265	70	0.229	1387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.281-3.48	0.28	68	0.226	1316	X-RAY DIFFRACTION	99.8557
3.48-3.72	0.234	60	0.219	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.9232
3.72-4.017	0.27	52	0.213	1161	X-RAY DIFFRACTION	99.5895
4.017-4.4	0.198	65	0.168	1045	X-RAY DIFFRACTION	99.8201
4.4-4.919	0.177	59	0.142	963	X-RAY DIFFRACTION	99.6101
4.919-5.677	0.222	57	0.163	841	X-RAY DIFFRACTION	99.4463
5.677-6.948	0.193	39	0.186	725	X-RAY DIFFRACTION	99.3498
6.948-9.805	0.255	26	0.176	583	X-RAY DIFFRACTION	99.8361
9.805-47.324	0.187	15	0.235	331	X-RAY DIFFRACTION	96.648

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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