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万見
- PDB-8anw: Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8anw
タイトルPoliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8).
要素
  • Capsid protein, VP0
  • Capsid protein, VP1
  • Capsid protein, VP3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Production and Characterisation of Stabilised PV-3 Virus-like Particles Using .
著者: Lee Sherry / Keith Grehan / Jessica J Swanson / Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Elizabeth E Fry / David I Stuart / David J Rowlands / Nicola J Stonehouse /
要旨: Following the success of global vaccination programmes using the live-attenuated oral and inactivated poliovirus vaccines (OPV and IPV), wild poliovirus (PV) is now only endemic in Afghanistan and ...Following the success of global vaccination programmes using the live-attenuated oral and inactivated poliovirus vaccines (OPV and IPV), wild poliovirus (PV) is now only endemic in Afghanistan and Pakistan. However, the continued use of these vaccines poses potential risks to the eradication of PV. The production of recombinant PV virus-like particles (VLPs), which lack the viral genome offer great potential as next-generation vaccines for the post-polio world. We have previously reported production of PV VLPs using , however, these VLPs were in the non-native conformation (C Ag), which would not produce effective protection against PV. Here, we build on this work and show that it is possible to produce wt PV-3 and thermally stabilised PV-3 (referred to as PV-3 SC8) VLPs in the native conformation (D Ag) using . We show that the PV-3 SC8 VLPs provide a much-improved D:C antigen ratio as compared to wt PV-3, whilst exhibiting greater thermostability than the current IPV vaccine. Finally, we determine the cryo-EM structure of the yeast-derived PV-3 SC8 VLPs and compare this to previously published PV-3 D Ag structures, highlighting the similarities between these recombinantly expressed VLPs and the infectious virus, further emphasising their potential as a next-generation vaccine candidate for PV.
履歴
登録2022年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein, VP1
B: Capsid protein, VP0
C: Capsid protein, VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8004
ポリマ－97,5013
非ポリマー2991
水00
1
A: Capsid protein, VP1
B: Capsid protein, VP0
C: Capsid protein, VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,868,024240
ポリマ－5,850,054180
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein, VP1


分子量: 33562.785 Da / 分子数: 1 / 変異: VP1 T105M, VP1 F132L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
細胞株 (発現宿主): PichiaPink / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q84895
#2: タンパク質 Capsid protein, VP0


分子量: 37623.023 Da / 分子数: 1 / 変異: VP2 L18I, VP2 L215M, VP2 D241E, VP4 T67A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. Mutations are numbered according to sequence numbering for mature polypeptides VP2 and VP4.
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
細胞株 (発現宿主): PichiaPink / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q84895
#3: タンパク質 Capsid protein, VP3


分子量: 26315.100 Da / 分子数: 1 / 変異: VP3 H19Y, VP3 L85F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
細胞株 (発現宿主): PichiaPink / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q84895
#4: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human poliovirus 3 / タイプ: VIRUS
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV3 (strain Saukett).
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 5.85 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 細胞: PichiaPink
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Virus shell 1 / 直径: 310 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7 / 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
11 xDPBS1
220 mMEDTA1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Virus-like particle purified by sucrose density gradient purification from Pichia pastoris cells.
試料支持詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Double blotting with 4 ul of sample, followed by 4 second blot, before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 倍率（補正後）: 60975 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3717 / 詳細: Pixel sampling of 0.82 A/pixel.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.19.2_4158:phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.5.6粒子像選択crYOLO was used to pick particles automatically
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正CTFFIND4 in RELION was used for CTF correction
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9RELION3.1.1初期オイラー角割当
10RELION3.1.1最終オイラー角割当
11RELION3.1.1分類
12RELION3.1.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158-000モデル精密化
画像処理詳細: Pixels size was 0.82 A/pixel
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10744
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2712 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Final reconstruction was sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -69.1 Angstroms.
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
原子モデル構築PDB-ID: 6Z6W

6z6w


Accession code: 6Z6W / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 57.31 Å2 / Biso mean: 13.0392 Å2 / Biso min: 5.18 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00234854
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48547514
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0435214
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046108
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.58912702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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