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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8anu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of protein phi3T-93 | ||||||
![]() | YopN. Phi3T_93 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Arbitrium / Phi3T / lysis-lysogeny decission | ||||||
機能・相同性 | metal ion binding / NICKEL (II) ION / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zamora-Caballero, S. / Marina, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Antagonistic interactions between phage and host factors control arbitrium lysis-lysogeny decision. 著者: Zamora-Caballero, S. / Chmielowska, C. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Del Sol, F.G. / Mancheno-Bonillo, J. / Felipe-Ruiz, A. / Meijer, W.J.J. / Penades, J.R. / Marina, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8antSC ![]() 8anvC ![]() 8c8eC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9768.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 % |
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結晶化 | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10%PEG8000, 50mM magnesium acetate, 100mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日 |
放射 | モノクロメーター: Channel-cut Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→43.47 Å / Num. obs: 6697 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 33.4114979572 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.44 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 985 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.237 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8ANT 解像度: 2.31014705408→40.06302883 Å / SU ML: 0.252471672262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786559852 / 位相誤差: 28.1250642639
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.1353823492 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31014705408→40.06302883 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31015→2.9104 Å
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