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- PDB-8anu: Crystal structure of protein phi3T-93 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8anu
タイトルCrystal structure of protein phi3T-93
要素YopN. Phi3T_93
キーワードVIRAL PROTEIN / Arbitrium / Phi3T / lysis-lysogeny decission
機能・相同性metal ion binding / NICKEL (II) ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage phi3T (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31014705408 Å
データ登録者Zamora-Caballero, S. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-108541GB-100 スペイン
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Antagonistic interactions between phage and host factors control arbitrium lysis-lysogeny decision.
著者: Zamora-Caballero, S. / Chmielowska, C. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Del Sol, F.G. / Mancheno-Bonillo, J. / Felipe-Ruiz, A. / Meijer, W.J.J. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: YopN. Phi3T_93
A: YopN. Phi3T_93
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6534
ポリマ－19,5362
非ポリマー1172
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.3497, 49.9101, 70.5299
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 107.737, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-101-

NI

21A-101-

NI

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASNASNchain 'A'AB1 - 42 - 5
12TYRTYRILEILEchain 'A'AB6 - 317 - 32
13GLUGLULEULEUchain 'A'AB33 - 3634 - 37
14TYRTYRASNASNchain 'A'AB38 - 6639 - 67
21METMETASNASNchain 'C'CA1 - 42 - 5
22TYRTYRILEILEchain 'C'CA6 - 317 - 32
23GLUGLULEULEUchain 'C'CA33 - 3634 - 37
24TYRTYRASNASNchain 'C'CA38 - 6639 - 67

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要素

#1: タンパク質 YopN. Phi3T_93


分子量: 9768.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_93 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL / 参照: UniProt: A0A1P8CWW1
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10%PEG8000, 50mM magnesium acetate, 100mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日
放射モノクロメーター: Channel-cut Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→43.47 Å / Num. obs: 6697 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 33.4114979572 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.31→2.44 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 985 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.237 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ANT

8ant


解像度: 2.31014705408→40.06302883 Å / SU ML: 0.252471672262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786559852 / 位相誤差: 28.1250642639
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26035485716 333 5.01128668172 %
Rwork0.209155328901 6312 -
obs0.211675325209 6645 97.149122807 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.1353823492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31014705408→40.06302883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1126 0 2 37 1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01020087159411166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.159361243891577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501588705662160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00604595465445203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8767808162430
LS精密化 シェル解像度: 2.31015→2.9104 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274579341634 170 -
Rwork0.23914571553 3136 -
obs--97.3498233216 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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