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- PDB-8ani: Structure of the amyloid-forming peptide LYIQWL from Tc5b, grown ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ani
タイトルStructure of the amyloid-forming peptide LYIQWL from Tc5b, grown from 10% ethanol
要素Peptide LYIQWL from Tc5b
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid
機能・相同性ETHANOL / trifluoroacetic acid
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Durvanger, Z.
資金援助 ハンガリー, European Union, 3件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation Office2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
European Regional Development FundVEKOP-2.3.2-16-2017-00014, VEKOP-2.3.3-15-2017-00018European Union
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeThematic Excellence Program Synth+ ハンガリー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Polymorphic amyloid nanostructures of hormone peptides involved in glucose homeostasis display reversible amyloid formation.
著者: Horvath, D. / Durvanger, Z. / K Menyhard, D. / Sulyok-Eiler, M. / Bencs, F. / Gyulai, G. / Horvath, P. / Taricska, N. / Perczel, A.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide LYIQWL from Tc5b
B: Peptide LYIQWL from Tc5b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8765
ポリマ－1,6702
非ポリマー2063
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: ECD measurements confirmed amyloid formation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)11.719, 23.467, 18.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide LYIQWL from Tc5b


分子量: 835.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization
詳細: Peptide was dissolved in 10% ethanol at 0.5 mg/ml concentration, then incubated at 293K overnight.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→18.76 Å / Num. obs: 2253 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 5.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 214 / CC1/2: 0.756 / Rrim(I) all: 0.745

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: crystal structure of LYIQWL grown from acetonitrile/water

解像度: 1.35→18.76 Å / SU ML: 0.0994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 8.6422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1522 221 9.85 %
Rwork0.1142 2023 -
obs0.1177 2244 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 5.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→18.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数120 0 13 3 136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4097202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.974445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.70.20641100.1433995X-RAY DIFFRACTION96.34
1.7-18.760.12791110.10131028X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.607611122042 Å / Origin y: 0.80800839191 Å / Origin z: 1.79779049102 Å
111213212223313233
T0.0288371400041 Å20.00198204976032 Å2-0.0115577499744 Å2-0.0502413523014 Å20.00361905222268 Å2--0.0389507047865 Å2
L0.91532962831 °2-0.0944160974928 °2-0.331591182629 °2-1.12936386253 °20.792861941234 °2--1.67857714863 °2
S0.0125582259765 Å °-0.0060301564509 Å °-0.0132532061162 Å °-0.0363810737111 Å °0.00994568756375 Å °0.00763677821185 Å °-0.0216989752144 Å °-0.0324529579734 Å °-0.0241734553911 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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