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- PDB-8an2: S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 10.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8an2
タイトルS-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 10.0
要素S-layer protein A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer / dimer / N-glycosylation
機能・相同性: / S-layer / extracellular region / S-layer protein A
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gambelli, L. / Isupov, M.N. / Daum, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)803894European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure of the two-component S-layer of the archaeon .
著者: Lavinia Gambelli / Mathew McLaren / Rebecca Conners / Kelly Sanders / Matthew C Gaines / Lewis Clark / Vicki A M Gold / Daniel Kattnig / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Michail N Isupov / Bertram Daum /
要旨: Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell ...Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell wall and thus act as the final frontier between the cell and its environment. Therefore, S-layers are crucial for supporting microbial life. Notwithstanding their importance, little is known about archaeal S-layers at the atomic level. Here, we combined single-particle cryo electron microscopy, cryo electron tomography, and Alphafold2 predictions to generate an atomic model of the two-component S-layer of . The outer component of this S-layer (SlaA) is a flexible, highly glycosylated, and stable protein. Together with the inner and membrane-bound component (SlaB), they assemble into a porous and interwoven lattice. We hypothesise that jackknife-like conformational changes in SlaA play important roles in S-layer assembly.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / em_3d_fitting_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: S-layer protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,77720
ポリマ－151,0781
非ポリマー12,69919
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14630 Å2
ΔGint183 kcal/mol
Surface area46580 Å2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 S-layer protein A / Surface layer large protein


分子量: 151078.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: slaA, slp1, Saci_2355
発現宿主: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J6E5

-
糖 , 7種, 19分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)] ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O][a2122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-4-4/a4-b1_b3-c1_b4-e1_b6-f1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}[(4+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 650.606 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6) ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 974.887 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b3-c1_b4-d1_b6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{}[(4+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 812.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b3-c1_b6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 10
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 61 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10ISOLDEモデルフィッティング
12REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 280004
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29819 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 7ZCX

7zcx


Accession code: 7ZCX / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.2→269.824 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / WRfactor Rwork: 0.288 / SU B: 5.18 / SU ML: 0.083 / Average fsc overall: 0.8618 / Average fsc work: 0.8618 / ESU R: 0.078 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rwork0.288 1255606 -
all0.288 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 118.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.197 Å2-0.625 Å20.167 Å2
2--1.129 Å20.008 Å2
3----0.932 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.0128925
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.9031.76912398
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.43951039
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg36.70425.345290
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg11.989151135
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg33.646152
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1080.21499
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.026450
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1930.25084
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.3060.212666
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0750.2198
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it10.7119.0964159
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it18.04113.6545197
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it16.46213.6694766
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it28.45619.7917200
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it44.532208.50332681
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.2-3.2830.447931640.447931640.6880.447
3.283-3.3730.43906370.43906370.7240.43
3.373-3.4710.409878180.409878180.7610.409
3.471-3.5780.383857080.383857080.7970.383
3.578-3.6950.362829370.362829370.820.362
3.695-3.8250.336802610.336802610.8420.336
3.825-3.9690.311772510.311772510.8650.311
3.969-4.1310.278744260.278744260.8950.278
4.131-4.3150.25709930.25709930.9250.25
4.315-4.5250.232683970.232683970.9420.232
4.525-4.770.216650630.216650630.9550.216
4.77-5.0590.211614090.211614090.9610.211
5.059-5.4090.216576320.216576320.9550.216
5.409-5.8420.221535550.221535550.9480.221
5.842-6.3990.232496910.232496910.9320.232
6.399-7.1540.253444790.253444790.9180.253
7.154-8.260.251394650.251394650.9170.251
8.26-10.1140.247333120.247333120.9230.247
10.114-14.2930.274256220.274256220.9280.274
14.293-269.8240.509141280.509141280.9640.509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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