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- PDB-8amy: High-resolution crystal structure of the Mu8.1 conotoxin from Con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8amy
タイトルHigh-resolution crystal structure of the Mu8.1 conotoxin from Conus Mucronatus
要素Mu8.1 conotoxin
キーワードTOXIN / conotoxin / antagonist / cav2.3 inhibitor / mu8.1
機能・相同性BICARBONATE ION / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE
機能・相同性情報
生物種Conus mucronatus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Mueller, E. / Hackney, C.M. / Ellgaard, L. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: High-resolution crystal structure of the Mu8.1 conotoxin from Conus mucronatus.
著者: Muller, E. / Hackney, C.M. / Ellgaard, L. / Morth, J.P.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu8.1 conotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9038
ポリマ－10,2041
非ポリマー6997
水1,26170
1
A: Mu8.1 conotoxin
ヘテロ分子

A: Mu8.1 conotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,80516
ポリマ－20,4072
非ポリマー1,39814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area3230 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.860, 52.860, 137.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

ZN

21A-649-

HOH

31A-670-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mu8.1 conotoxin


分子量: 10203.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: toxin / 由来: (組換発現) Conus mucronatus (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 77分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 5000 MME. 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→34.62 Å / Num. obs: 21222 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 30.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06742 / Rpim(I) all: 0.0232 / Rrim(I) all: 0.07147 / Net I/σ(I): 16.59
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 1401 / CC1/2: 0.464 / Rpim(I) all: 0.6206 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 91.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PX2

7px2


解像度: 1.67→34.62 Å / SU ML: 0.2612 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 1070 5.04 %
Rwork0.1687 20151 -
obs0.1703 21221 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→34.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数680 0 39 70 789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.66691027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0123124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8957270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.750.31941420.31952273X-RAY DIFFRACTION88.85
1.75-1.840.36421170.32762498X-RAY DIFFRACTION97.32
1.84-1.950.3031970.22712597X-RAY DIFFRACTION99.45
1.95-2.10.22271490.1592542X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.320.20021320.18582573X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.650.19891480.16092555X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.340.18721220.16772562X-RAY DIFFRACTION99.96
3.34-34.620.17931630.14172551X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.041784795840.144581480451-0.706993372570.7423201500040.01437887416590.5813010358820.0328322049888-0.02085950478130.0905151663163-0.0684090206460.019780189331-0.107305339984-0.05984538715010.260717222257-7.72337738295E-50.2103969483170.0119820735009-0.0006184484554390.291902885883-0.01087377513560.2677431098625.65349162518.0994822745949.4275253577
20.6596901619670.1395414732880.5454030921590.8246318957890.007385509740270.463546951135-0.01601440207540.04334825106620.158782627506-0.0641001834058-0.02397668857520.0530211815825-0.02065384241380.1311301922910.0001371245776670.2103599549440.01280537050890.02499738878540.246391423201-0.002221659580370.20588206744217.84333792993.8935189965651.227629439
30.944650068875-0.06344111619890.3031797868710.9796148472640.02030217830440.602232040292-0.0277767688334-0.09345090175050.633024655297-0.07267732229480.0279136394961-0.129021706374-0.4375120069740.330079264016-0.0001543844140820.359697583001-0.08257655528830.02198510498340.318836855895-0.008022407959640.42747109229322.358203160219.596988953951.9191362578
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 28 )5 - 281 - 24
22chain 'A' and (resid 29 through 48 )29 - 4825 - 44
33chain 'A' and (resid 49 through 89 )49 - 8945 - 85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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