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- PDB-8amp: Crystal structure of M.tuberculosis ferredoxin Fdx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8amp
タイトルCrystal structure of M.tuberculosis ferredoxin Fdx
要素Possible ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ferredoxin / tuberculosis / Rv0763c / CYP51
機能・相同性FE3-S4 CLUSTER / : / Ferredoxin Fdx
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Marin, E. / Kapranov, I. / Mishin, A. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation122030100168-2 ロシア
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural insights into 3Fe-4S ferredoxins diversity in M. tuberculosis highlighted by a first redox complex with P450.
著者: Gilep, A. / Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Ryzhykau, Y. / Smolskaya, S. / Sushko, T. / Tsumoto, K. / Grabovec, I. / Kapranov, I. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Shevtsov, M. / ...著者: Gilep, A. / Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Ryzhykau, Y. / Smolskaya, S. / Sushko, T. / Tsumoto, K. / Grabovec, I. / Kapranov, I. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Shevtsov, M. / Mishin, A. / Kovalev, K. / Kuklin, A. / Gordeliy, V. / Kaluzhskiy, L. / Gnedenko, O. / Yablokov, E. / Ivanov, A. / Borshchevskiy, V. / Strushkevich, N.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8713
ポリマ－8,5201
非ポリマー3522
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area3750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.959, 46.959, 162.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

FE

21A-201-

HOH

31A-205-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Possible ferredoxin


分子量: 8519.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0763c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71820
#2: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.76 Å / Num. obs: 4958 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 38.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 10.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.059.90.933460.5262.801100
2.05-2.119.81.323610.6871.99799.4
2.11-2.179.51.623380.7941.621100
2.17-2.249.12.073390.8141.252100
2.24-2.3192.63030.8740.97692
2.31-2.399.63.33190.9230.793100
2.39-2.4810.34.273030.9510.6499.7
2.48-2.589.95.382840.9740.463100
2.58-2.7106.322810.9820.393100
2.7-2.839.8102640.9920.222100
2.83-2.989.611.192490.9920.197100
2.98-3.169.213.12470.9960.14100
3.16-3.388.717.052340.9970.099100
3.38-3.659.623.142200.9990.071100
3.65-49.727.871890.9990.063100
4-4.479.632.871880.9990.056100
4.47-5.178.733.151680.9990.053100
5.17-6.337.931.521330.9990.056100
6.33-8.958.335.291190.9990.051100
8.95-28.767.436.57730.9940.05196.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20170615データ削減
STARANISO3.344 27-Apr-2022データスケーリング
MoRDa1.4.09; 10.02.2022位相決定
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VJW

1vjw


解像度: 2→28.76 Å / SU ML: 0.2447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.4958
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 416 10.1 %
Rwork0.2503 3703 -
obs0.2543 4119 83.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数474 0 8 5 487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.122495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.4138680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr2.093873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.073171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.290.3601980.3185869X-RAY DIFFRACTION60.17
2.29-2.880.34541460.31491290X-RAY DIFFRACTION87.72
2.89-28.760.26511720.22451544X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.2235812771 Å / Origin y: -10.5283877981 Å / Origin z: -13.6477102063 Å
111213212223313233
T0.169361525199 Å2-0.0369906789722 Å2-0.215263474863 Å2-0.313415454142 Å20.0664168035822 Å2--0.663810000722 Å2
L2.12669271625 °2-2.00557385106 °20.17651409912 °2-5.28127722827 °20.169499384196 °2--0.807417697391 °2
S0.203074986829 Å °0.0371668676423 Å °0.459390927478 Å °0.622434118087 Å °-0.0829792519237 Å °-3.2436368637 Å °-0.539500956334 Å °0.484072393083 Å °0.260567329696 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 2 through 202)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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