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- PDB-8amq: Crystal structure of the complex CYP143-FdxE from M. tuberculosis -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8amq | |||||||||
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Title | Crystal structure of the complex CYP143-FdxE from M. tuberculosis | |||||||||
![]() | Probable ferredoxin,Putative cytochrome P450 143 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / M. tuberculosis / cytochrome P450 / redox partner / ferredoxin / Rv1786 / Rv1785c / fusion / chimera | |||||||||
Function / homology | ![]() Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Smolskaya, S. / Marin, E. / Kapranov, I. / Kovalev, K. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into 3Fe-4S ferredoxins diversity in M. tuberculosis highlighted by a first redox complex with P450. Authors: Gilep, A. / Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Ryzhykau, Y. / Smolskaya, S. / Sushko, T. / Tsumoto, K. / Grabovec, I. / Kapranov, I. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Shevtsov, M. ...Authors: Gilep, A. / Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Ryzhykau, Y. / Smolskaya, S. / Sushko, T. / Tsumoto, K. / Grabovec, I. / Kapranov, I. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Shevtsov, M. / Mishin, A. / Kovalev, K. / Kuklin, A. / Gordeliy, V. / Kaluzhskiy, L. / Gnedenko, O. / Yablokov, E. / Ivanov, A. / Borshchevskiy, V. / Strushkevich, N. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 251.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 177.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8amoC ![]() 8ampSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 53705.535 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Rv1786, cyp143, Rv1785c, MTV049.07c / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O53937, UniProt: P9WPL3, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-F3S / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-HEM / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-NI / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.01 M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, 20% (w/v) PEG 2000MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 26, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→27.15 Å / Num. obs: 78791 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.46 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 4.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8AMP Resolution: 1.6→27.15 Å / SU ML: 0.201 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.9816 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→27.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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