PDB-8amo: Crystal structure of M. tuberculosis CYP143

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8amo

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis CYP143

要素

Putative cytochrome P450 143

キーワード

OXIDOREDUCTASE / M. tuberculosis / cytochrome P450 / rv1785c

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Grudo, A. / Marin, E. / Kapranov, I. / Shevtsov, M. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 2件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation	075-15-2021-1354	ロシア
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation	122030100168-2	ロシア

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural insights into 3Fe-4S ferredoxins diversity in M. tuberculosis highlighted by a first redox complex with P450.
著者: Gilep, A. / Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Ryzhykau, Y. / Smolskaya, S. / Sushko, T. / Tsumoto, K. / Grabovec, I. / Kapranov, I. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Shevtsov, M. / ...

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8amo.cif.gz	226.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8amo.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8amo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8amo_validation.pdf.gz	822.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8amo_full_validation.pdf.gz	827.4 KB	表示
XML形式データ	8amo_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	8amo_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ampC 8amqC 4dxyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative cytochrome P450 143

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.210, 48.530, 54.150
Angle α, β, γ (deg.)	111.652, 99.502, 109.340
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Putative cytochrome P450 143 分子量: 44422.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: cyp143, Rv1785c, MTV049.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WPL3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris, 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→27.78 Å / Num. obs: 62494 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.76 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 14.03

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.44	7.4	0.19	4500	0.243	9.768	86.6
1.44-1.48	7.6	0.48	4553	0.463	4.224	89.6
1.48-1.52	7.6	0.88	4435	0.704	2.296	89.4
1.52-1.57	7.5	1.39	4222	0.8	1.507	88.4
1.57-1.62	7.5	2.06	4029	0.888	1.016	86.8
1.62-1.67	7.4	3.04	3697	0.94	0.668	82.7
1.67-1.74	7.6	4.31	3970	0.957	0.485	91.6
1.74-1.81	7.5	5.84	3810	0.974	0.353	90.9
1.81-1.89	7.6	8.66	3594	0.984	0.238	90.1
1.89-1.98	7.6	11.83	3349	0.991	0.173	88.6
1.98-2.09	7.5	15.84	2968	0.995	0.122	81.2
2.09-2.21	7.6	21.22	3160	0.997	0.089	91.6
2.21-2.37	7.5	25.61	3000	0.998	0.071	93.2
2.37-2.56	7.6	30.12	2781	0.998	0.061	92.1
2.56-2.8	7.4	33.31	2467	0.998	0.056	89.4
2.8-3.13	7.3	38.86	2089	0.999	0.046	83.9
3.13-3.61	7.4	46.49	2115	0.999	0.037	95.4
3.61-4.43	7.5	51.71	1754	0.999	0.032	93.1
4.43-6.26	7.5	52.4	1227	0.999	0.031	85.7
6.26-27.78	7.7	55.89	774	1	0.025	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MoRDa		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DXY

4dxy

解像度: 1.4→27.78 Å / SU ML: 0.1979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 26.2632
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	2658	4.97 %
R_work	0.1695	50841	-
obs	0.171	53499	76.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2971	0	62	494	3527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8747	4808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0691	519
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.7439	1319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.4402	61	0.4037	1159	X-RAY DIFFRACTION	32.84
1.43-1.45	0.4899	71	0.3576	1335	X-RAY DIFFRACTION	38.05
1.45-1.48	0.3537	77	0.3412	1486	X-RAY DIFFRACTION	42.92
1.48-1.51	0.3893	90	0.3291	1707	X-RAY DIFFRACTION	48.38
1.51-1.55	0.3704	107	0.3138	2023	X-RAY DIFFRACTION	57.74
1.55-1.59	0.3472	122	0.3121	2470	X-RAY DIFFRACTION	71.07
1.59-1.63	0.3309	153	0.2926	2924	X-RAY DIFFRACTION	82.74
1.63-1.68	0.3168	152	0.2542	2951	X-RAY DIFFRACTION	83.35
1.68-1.73	0.2395	173	0.24	3190	X-RAY DIFFRACTION	91.89
1.73-1.8	0.2669	167	0.2355	3229	X-RAY DIFFRACTION	91.49
1.8-1.87	0.2232	156	0.1961	3187	X-RAY DIFFRACTION	90.5
1.87-1.95	0.2225	159	0.1719	3135	X-RAY DIFFRACTION	89.17
1.95-2.06	0.2283	160	0.1665	2963	X-RAY DIFFRACTION	85.05
2.06-2.18	0.2026	166	0.1604	3060	X-RAY DIFFRACTION	87.1
2.18-2.35	0.2078	176	0.1529	3266	X-RAY DIFFRACTION	93.41
2.35-2.59	0.187	166	0.1505	3222	X-RAY DIFFRACTION	92.24
2.59-2.96	0.1644	156	0.1627	3031	X-RAY DIFFRACTION	86.14
2.96-3.73	0.1587	176	0.1363	3288	X-RAY DIFFRACTION	93.6
3.73-27.78	0.1448	170	0.1273	3215	X-RAY DIFFRACTION	91.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.583263792637	0.163951332885	-0.0500639275783	0.520721857173	-0.0742113199487	0.445132687729	-0.0016632376568	0.0047999263068	0.0480051615773	-0.0152929873438	0.0125622616899	-0.0303689071838	-0.020202581176	0.0168931566795	2.99220153231E-5	0.0930374517826	0.0116727312954	1.74887347717E-5	0.0900281594489	0.00206727661707	0.0929402792629	5.38235933095	4.32364216751	-2.83868728359
2	0.23267696588	0.0089625046926	-0.0475749857085	0.327514350675	0.00324150343327	0.305499867577	-0.0409306947079	-0.101582198275	0.135219633914	0.0655011014824	-0.00969332228519	0.049969763389	-0.0676242936557	0.0206311014647	1.70870359154E-5	0.1732832116	0.00862584411159	-0.0102198712966	0.156072729525	-0.020120907259	0.161403321782	-2.71107371169	7.4045551123	16.0098525502
3	0.63388327164	0.154541403221	-0.12124039276	0.442870996432	-0.0677813128128	0.321283384331	0.00273279534986	0.0181851382587	-0.0360625606466	-0.00412989152557	-0.00102529789442	0.0156629342224	0.0189079710683	0.0260212490964	-1.75088478357E-5	0.130054171595	0.00620212141157	0.000921317688327	0.116762015152	-0.00387727073568	0.128661492064	-1.99742049166	-4.45534888505	-3.27597772695

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 9 through 128 )	9 - 128	1 - 120
2	2	chain 'A' and (resid 129 through 218 )	129 - 218	121 - 210
3	3	chain 'A' and (resid 219 through 393 )	219 - 393	211 - 385

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)