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万見
- PDB-8aml: Crystal structure of AUGUGGCAU duplex with cadmium ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aml
タイトルCrystal structure of AUGUGGCAU duplex with cadmium ions
要素RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
キーワードRNA / UG wobble / Cd ions / UGG repeats
機能・相同性: / RNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Rypniewski, W.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Other government ポーランド
引用ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Structure and thermodynamics of a UGG motif interacting with Ba2+ and other metal ions: accommodating changes in the RNA structure and the presence of a G(syn)-G(syn) pair.
著者: Kiliszek, A. / Pluta, M. / Bejger, M. / Rypniewski, W.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
G: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
I: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
J: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
K: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
L: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
M: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
N: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
O: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
P: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
Q: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
R: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
S: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
T: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
U: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
V: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
Y: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
Z: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
a: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
b: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
c: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
d: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,77431
ポリマ－80,43728
非ポリマー3373
水181
1
A: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3420 Å2
2
C: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3410 Å2
3
E: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8583
ポリマ－5,7462
非ポリマー1121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3380 Å2
4
G: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8583
ポリマ－5,7462
非ポリマー1121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3360 Å2
5
I: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
J: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3440 Å2
6
K: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
L: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8583
ポリマ－5,7462
非ポリマー1121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3390 Å2
7
M: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
N: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3410 Å2
8
O: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
P: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3430 Å2
9
Q: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
R: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3420 Å2
10
S: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
T: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3430 Å2
11
U: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
V: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3390 Å2
12
Y: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
Z: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3400 Å2
13
a: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
b: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3390 Å2
14
c: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
d: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7462
ポリマ－5,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area3390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)28.193, 90.600, 139.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.504, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(*AP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量: 2872.751 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.08 M NaCl 0.02 M CdCl2 0.04 M cacodylate sodium 45% MPD 0.012 M spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.917143 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917143 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→46.53 Å / Num. obs: 18088 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 16.31
反射 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 2861 / CC1/2: 0.731

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8AMI

8ami


解像度: 2.75→46.52 Å / SU ML: 0.5039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.693
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 1789 9.92 %
Rwork0.2185 16240 -
obs0.2234 18029 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 5320 3 1 5324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00185936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47929212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02021232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.13682912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.830.43951430.37571242X-RAY DIFFRACTION95.85
2.83-2.910.37681290.3391211X-RAY DIFFRACTION98.6
2.91-30.38541410.32471245X-RAY DIFFRACTION99.21
3-3.110.35681450.30521278X-RAY DIFFRACTION98.82
3.11-3.240.34371270.27551236X-RAY DIFFRACTION98.98
3.24-3.380.35431370.2771240X-RAY DIFFRACTION98.15
3.38-3.560.37081340.27721265X-RAY DIFFRACTION97.76
3.56-3.780.31781410.26851218X-RAY DIFFRACTION98.76
3.78-4.080.28661380.24331276X-RAY DIFFRACTION98.67
4.08-4.490.25591380.21721228X-RAY DIFFRACTION98.7
4.49-5.130.3121390.20921243X-RAY DIFFRACTION98.01
5.13-6.470.21831360.18181273X-RAY DIFFRACTION99.02
6.47-46.520.15361410.13341285X-RAY DIFFRACTION97.6

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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