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万見
- PDB-8am4: Cl-rsEGFP2 Long Wavelength Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8am4
タイトルCl-rsEGFP2 Long Wavelength Structure
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP-like protein / beta-barrel / bioluminescence
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Orr, C.M. / Fadini, A. / van Thor, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Imperial College LondonPresident's PhD Scholarship 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00752X/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Serial Femtosecond Crystallography Reveals that Photoactivation in a Fluorescent Protein Proceeds via the Hula Twist Mechanism.
著者: Fadini, A. / Hutchison, C.D.M. / Morozov, D. / Chang, J. / Maghlaoui, K. / Perrett, S. / Luo, F. / Kho, J.C.X. / Romei, M.G. / Morgan, R.M.L. / Orr, C.M. / Cordon-Preciado, V. / Fujiwara, T. ...著者: Fadini, A. / Hutchison, C.D.M. / Morozov, D. / Chang, J. / Maghlaoui, K. / Perrett, S. / Luo, F. / Kho, J.C.X. / Romei, M.G. / Morgan, R.M.L. / Orr, C.M. / Cordon-Preciado, V. / Fujiwara, T. / Nuemket, N. / Tosha, T. / Tanaka, R. / Owada, S. / Tono, K. / Iwata, S. / Boxer, S.G. / Groenhof, G. / Nango, E. / van Thor, J.J.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5671
ポリマ－28,5671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.915, 63.25, 70.587
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 % / 解説: 500 um x 200 um x 200 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Hepes pH 8.0, 1.80 M ammonium sulphate, 20 mM NaCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-IDSerial crystal experiment
150Conductive cooling1N
250Conductive cooling1N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I2313.0996
シンクロトロンDiamond I2324.42801
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 12M1PIXEL2021年7月8日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2021年7月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.09961
24.428011
反射

Entry-ID: 8AM4

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)Biso Wilson estimate (Å2)
2.02-47.111229780.71.90.9980.0320.0320.046124.7
2.89-50.92477688.76.20.9870.0521336.36
反射 シェル解像度: 2.02→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.112 / Num. unique obs: 571 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.159

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
GDAデータ収集
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.02→47.11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 775 5.06 %Random selection
Rwork0.1959 ---
obs-11673 80.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 0 0 1822

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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