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- PDB-8ak3: Drosophila melanogaster UNC89 Protein Kinase 1 in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ak3
タイトルDrosophila melanogaster UNC89 Protein Kinase 1 in complex with ADP
要素Obscurin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Kinase / Muscle protein / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adult somatic muscle development / protein localization to M-band / M band / sarcomere organization / tropomyosin binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein kinase binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...: / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein Obscurin
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dorendorf, T. / Zacharchenko, T. / Mayans, O.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0044/2012 フランス
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: PK1 from Drosophila obscurin is an inactive pseudokinase with scaffolding properties.
著者: Zacharchenko, T. / Dorendorf, T. / Locker, N. / Van Dijk, E. / Katzemich, A. / Diederichs, K. / Bullard, B. / Mayans, O.
履歴
登録2022年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obscurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6987
ポリマ－34,8101
非ポリマー8886
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.418, 95.418, 164.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3715-

HOH

21A-3730-

HOH

31A-3813-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Obscurin / Muscle M-line assembly protein Unc-89


分子量: 34810.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Unc-89, CG33519 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A8DYP0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1M potassium sodium tartrate, 100 mM CHES pH 9.5, 200 mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.16 Å / Num. obs: 35642 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.53 % / Biso Wilson estimate: 33.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.83
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Num. unique obs: 1080 / CC1/2: 0.312

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ak2

8ak2


解像度: 1.9→29.16 Å / SU ML: 0.1956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.143
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 1771 4.97 %
Rwork0.1735 33849 -
obs0.1752 35620 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 57 215 2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05293479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0603358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6039957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.31971400.32642527X-RAY DIFFRACTION99.85
1.95-2.010.27591190.25182559X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.070.20841320.19662567X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.150.24971260.19172542X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.230.2161430.19382572X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.340.23641280.16672565X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.460.20851030.17752600X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.610.22041500.17992569X-RAY DIFFRACTION99.96
2.61-2.810.2341340.19382603X-RAY DIFFRACTION99.93
2.81-3.10.23351390.18642599X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.540.2091350.16542647X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.460.1741600.13992654X-RAY DIFFRACTION99.96
4.46-29.160.19011620.1662845X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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