PDB-8ajk: Crystal structure of a C43S variant from the disulfide reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ajk

タイトル

Crystal structure of a C43S variant from the disulfide reductase MerA from Staphylococcus aureus

要素

FAD-containing oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MerA / disulfide reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Weiland, P. / Altegoer, F. / Bange, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: MerA functions as a hypothiocyanous acid reductase and defense mechanism in Staphylococcus aureus.
著者: Shearer, H.L. / Loi, V.V. / Weiland, P. / Bange, G. / Altegoer, F. / Hampton, M.B. / Antelmann, H. / Dickerhof, N.

履歴

登録	2022年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ajk.cif.gz	454.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ajk.ent.gz	306.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ajk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ajjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FAD-containing oxidoreductase

B: FAD-containing oxidoreductase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.250, 88.790, 186.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	FAD-containing oxidoreductase 分子量: 49528.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: G0W36_02880 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B5CJS8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-Ammonium tartrate 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.68 Å / Num. obs: 134620 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.82 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0811 / Net I/σ(I): 19.16
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 3.19 / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 13308 / CC_1/2: 0.463 / % possible all: 99.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AJJ

8ajj

解像度: 1.6→48.68 Å / SU ML: 0.2633 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8316
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	6722	5 %
R_work	0.1781	127761	-
obs	0.1794	134483	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6952	0	132	840	7924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	7233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9163	9845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0597	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0091	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3527	969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.4685	221	0.4675	4194	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.62-1.64	0.4392	220	0.434	4192	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.64-1.66	0.4596	222	0.4251	4243	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.66-1.68	0.3889	221	0.3845	4183	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.68-1.7	0.3944	220	0.3599	4209	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.7-1.72	0.3736	221	0.3362	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.72-1.75	0.3246	223	0.3042	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.75-1.78	0.3145	220	0.2708	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.78-1.8	0.27	223	0.2585	4263	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.8-1.83	0.2875	221	0.2441	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.83-1.86	0.2869	222	0.2341	4237	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.86-1.9	0.2623	222	0.2302	4214	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.9-1.93	0.2599	224	0.2328	4245	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.93-1.97	0.2745	222	0.224	4218	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.97-2.02	0.2215	223	0.201	4228	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.06	0.2298	222	0.1827	4218	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.06-2.12	0.2142	226	0.1854	4292	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.12-2.17	0.2035	223	0.169	4220	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.17-2.24	0.2065	221	0.1666	4215	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.24-2.31	0.2115	224	0.1642	4255	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.31-2.39	0.1895	225	0.1691	4271	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.39-2.49	0.2149	224	0.1721	4262	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.49-2.6	0.2162	226	0.1759	4281	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.6-2.74	0.2231	224	0.1758	4270	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.91	0.2157	228	0.1788	4322	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.91-3.13	0.1992	224	0.1731	4277	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.13-3.45	0.2039	229	0.1626	4338	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.45-3.95	0.1596	228	0.1513	4332	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.95-4.97	0.1264	230	0.1244	4396	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.97-48.68	0.1793	243	0.1611	4577	X-RAY DIFFRACTION	99.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.40582914359	-0.53107767382	-0.0663346650619	2.51315649501	-0.380121471324	2.62553986548	-0.0399254679437	-0.103784573048	0.309634869497	0.38713470201	0.110412280139	0.160250432073	-0.519558940031	-0.269275205981	-0.0690225031278	0.591229006066	0.0729582119432	0.166187372527	0.276411046117	0.0045441744321	0.388519865934	18.7297094675	27.7007674831	-11.7014345506
2	0.689607661544	-0.25960562064	-0.285189853376	0.762914723637	0.0840968251664	0.872626476286	0.101541816731	-0.0628747458919	0.0709977580478	0.0300972402989	0.0391533234853	0.00715842777301	-0.228743806628	0.0238854780429	-0.153532308853	0.342672422106	0.0044586123741	0.110411325653	0.253889679224	0.00518755909037	0.246159421519	34.1486350043	3.89156642325	-16.1326022269
3	4.33562921363	1.47276899466	1.19235595522	4.98649318097	1.21568342619	4.54803481887	0.139450715874	-0.0415229971601	0.12291234593	0.233692878376	0.0970781356339	-0.4945963426	-0.225454352465	0.557052711208	-0.1930223338	0.279855585852	0.00928238891492	0.0823343939733	0.258123315905	-0.0225555043309	0.261319062202	42.3352015645	-7.08989151984	-16.6046343519
4	1.59031129222	-1.35330364284	-1.78820872357	1.9463879951	1.67465970406	2.12623059932	0.0593240514866	0.117615779326	-0.176840785651	0.0634287286114	0.16986452566	-0.447395392494	0.068610966286	0.56918966964	-0.234225586277	0.293972622279	0.0395978940612	-0.0407148823078	0.340821826717	-0.0358689357777	0.363418328887	52.9039953211	-27.0197051998	-20.1952400596
5	1.83941473569	-0.817471494532	0.92907224114	1.58453907252	-0.535209080296	1.97323808601	0.115644403447	0.0939132529479	-0.02605492207	-0.138207820874	-0.0197945998221	-0.124366063763	0.137055477453	0.244962375771	-0.0917109772398	0.270964408236	0.0321999460677	0.017087676965	0.244304969462	-0.0241918342045	0.248375972982	45.3104589707	-27.361902104	-31.0632408548
6	2.8801567203	0.974908522446	-0.878054209465	4.70464885215	0.18209276209	3.3176569467	0.0178871759563	0.199016062209	-0.204051249646	-0.282211042375	0.0584548718618	-0.277790035138	0.325997760032	-0.0312674768799	-0.0906661115911	0.273272508748	0.0374623463987	-0.0801064830227	0.254857188467	-0.0256753541378	0.272469877865	26.5589925386	-34.6935230385	-42.2050213716
7	2.61194631777	-0.336092223263	-1.17950610194	2.60696461488	1.69973157819	3.73149680375	0.157948634846	-0.0153263418984	-0.0761748009678	0.212711299307	0.0221342147226	0.143451617145	0.253769163148	-0.166604211571	-0.190369548502	0.273764321295	0.00528141097375	-0.0393075403774	0.243868629034	0.0331608439216	0.317558578514	17.7567191965	-25.6916404156	-33.4074753386
8	1.77395463282	-0.381996319595	-0.222310989602	2.5495761178	0.933204874896	0.970504583657	0.110248830527	0.137884880207	-0.221593796844	-0.217524584966	-0.0765919190455	0.350545406405	-0.00867298427357	-0.182591482973	-0.0217300221703	0.296046396518	-0.00140909034287	-0.0722011365349	0.30374302631	0.052208864929	0.348550998955	15.3581696703	-30.8599015787	-37.7547375148
9	1.74763659102	-0.873319338601	0.129135813356	3.69304929335	0.198418111562	2.38812320648	0.0326927932546	-0.129043726926	-0.149572396122	0.315157310085	0.071103971348	0.0205562576901	0.270456713096	0.0124105964812	-0.105333408376	0.282728640261	4.26551361931E-5	-0.00816154770122	0.244277423776	0.0279007927302	0.232551470591	39.4985550857	-30.7494685612	-13.5706187416
10	1.05903875368	-0.283207590416	1.03841029624	1.24541316097	-0.152640833395	1.70435782519	0.127762598366	-0.178822505317	-0.0977021609533	0.15081122662	0.126954926145	0.319643837252	-0.089330550766	-0.27271367617	-0.209010081841	0.238791840855	0.0214004398362	0.100155069138	0.24237432231	0.0649462295833	0.27349942676	17.3983088685	-8.43112782449	-15.6597842766
11	0.98882445112	-0.243999320858	-0.489903418745	1.75080618226	0.349139961815	2.29427656256	0.00303132090501	-0.0765557312636	0.0575554161528	0.103115933177	0.128221055217	0.426027335676	-0.34017357579	-0.45726571637	-0.0699482472894	0.365205113865	0.117741166483	0.143986639182	0.349676715516	0.100921650389	0.382418515066	7.9510078438	18.1722796525	-23.2348199784
12	1.08461622173	-1.03135822183	0.94325411393	2.33420175907	-1.09991260824	0.866994902829	-0.132486293483	-0.00309346123562	-0.00365003875991	0.203967975297	0.0115050690599	0.0292384559161	-0.154913731502	0.075756357024	0.114701623057	0.409847199091	-0.0150117408796	0.104951515613	0.31366710996	0.0269039525832	0.28728812229	33.0830435244	18.9675369105	-36.9979912554
13	1.74123396765	0.0621784554343	0.217673237885	1.95739830887	-1.45353777753	3.57276549179	-0.0455283231839	0.250312157561	0.0412163203687	-0.109383057634	-0.103940656205	-0.0089213527114	0.09896609676	0.178840172081	0.142243344085	0.353647867496	0.0010844048076	0.052043570431	0.294738861481	0.0241589528036	0.260508106559	31.4052562076	28.4047194402	-42.3328213188

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 257 through 300 )	B	E	257 - 300	258 - 301
2	2	chain 'B' and (resid 301 through 422 )	B	E	301 - 422	302 - 423
3	3	chain 'B' and (resid 423 through 446 )	B	E	423 - 446	424 - 447
4	4	chain 'A' and (resid 0 through 25 )	A	A	0 - 25	1 - 26
5	5	chain 'A' and (resid 26 through 133 )	A	A	26 - 133	27 - 134
6	6	chain 'A' and (resid 134 through 161 )	A	A	134 - 161	135 - 162
7	7	chain 'A' and (resid 162 through 200 )	A	A	162 - 200	163 - 201
8	8	chain 'A' and (resid 201 through 256 )	A	A	201 - 256	202 - 257
9	9	chain 'A' and (resid 257 through 330 )	A	A	257 - 330	258 - 331
10	10	chain 'A' and (resid 331 through 445 )	A	A	331 - 445	332 - 446
11	11	chain 'B' and (resid 2 through 133 )	B	E	2 - 133	3 - 134
12	12	chain 'B' and (resid 134 through 223 )	B	E	134 - 223	135 - 224
13	13	chain 'B' and (resid 224 through 256 )	B	E	224 - 256	225 - 257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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