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Yorodumi- PDB-8ajj: Crystal structure of the disulfide reductase MerA from Staphyloco... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ajj | ||||||
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Title | Crystal structure of the disulfide reductase MerA from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | Dihydrolipoamide dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / MerA / disulfide reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information mercury(II) reductase / mercury (II) reductase activity / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / Oxidoreductases / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Weiland, P. / Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2023 Title: MerA functions as a hypothiocyanous acid reductase and defense mechanism in Staphylococcus aureus. Authors: Shearer, H.L. / Loi, V.V. / Weiland, P. / Bange, G. / Altegoer, F. / Hampton, M.B. / Antelmann, H. / Dickerhof, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ajj.cif.gz | 793.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ajj.ent.gz | 554 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ajj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ajkC 1ebdS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49284.098 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) Gene: merA, merA_1, merA_6, EDCC5055_00565, EP54_03600, EQ90_11215, GO814_00050, GO942_12510, GQX37_07850, NCTC10702_01041, SAGV69_02028, SAHC1335_01462, SAMEA70146418_00891 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A266CGC0, mercury(II) reductase, Oxidoreductases #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Citrate pH 4.0, 5 % PEG 6000; pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.8 Å / Num. obs: 101104 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 61.17 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Net I/σ(I): 19.01 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.489 Å / Redundancy: 41.5 % / Rmerge(I) obs: 4.596 / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 9949 / CC1/2: 0.365 / % possible all: 99.95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EBD Resolution: 2.4→49.8 Å / SU ML: 0.3911 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.5164 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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