PDB-8ajj: Crystal structure of the disulfide reductase MerA from Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ajj

タイトル

Crystal structure of the disulfide reductase MerA from Staphylococcus aureus

要素

Dihydrolipoamide dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MerA / disulfide reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

mercury(II) reductase / mercury (II) reductase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / 酸化還元酵素 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Weiland, P. / Altegoer, F. / Bange, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: MerA functions as a hypothiocyanous acid reductase and defense mechanism in Staphylococcus aureus.
著者: Shearer, H.L. / Loi, V.V. / Weiland, P. / Bange, G. / Altegoer, F. / Hampton, M.B. / Antelmann, H. / Dickerhof, N.

履歴

登録	2022年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ajj.cif.gz	794.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ajj.ent.gz	554 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ajj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ajj_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ajj_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8ajj_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	8ajj_validation.cif.gz	79.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ajkC 1ebdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

C: Dihydrolipoamide dehydrogenase

A: Dihydrolipoamide dehydrogenase

B: Dihydrolipoamide dehydrogenase

D: Dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Dihydrolipoamide dehydrogenase

D: Dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	250.630, 250.630, 141.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Space group name Hall	P6c2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

#1: タンパク質	Dihydrolipoamide dehydrogenase / FAD-containing oxidoreductase / Mercuric reductase / Putative pyridine nucleotide-disulfide ...FAD-containing oxidoreductase / Mercuric reductase / Putative pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase / Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein 分子量: 49284.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: merA, merA_1, merA_6, EDCC5055_00565, EP54_03600, EQ90_11215, GO814_00050, GO942_12510, GQX37_07850, NCTC10702_01041, SAGV69_02028, SAHC1335_01462, SAMEA70146418_00891 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A266CGC0, mercury(II) reductase, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citrate pH 4.0, 5 % PEG 6000; pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.8 Å / Num. obs: 101104 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 40.5 % / B_iso Wilson estimate: 61.17 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.249 / Net I/σ(I): 19.01
反射シェル	解像度: 2.4→2.489 Å / 冗長度: 41.5 % / R_merge(I) obs: 4.596 / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 9949 / CC_1/2: 0.365 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EBD

1ebd

解像度: 2.4→49.8 Å / SU ML: 0.3911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.5164
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	5054	5 %
R_work	0.2091	96028	-
obs	0.2106	101082	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13049	0	232	122	13403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	13561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6082	18483
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0468	2127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	2381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8872	1797

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.4061	165	0.4157	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.43-2.46	0.3907	168	0.3752	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.49	0.3967	164	0.3487	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.52	0.321	167	0.328	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.55	0.3228	167	0.2902	3159	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.55-2.59	0.3081	166	0.291	3159	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.59-2.63	0.3091	165	0.276	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.66	0.3165	168	0.2663	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.3484	166	0.2804	3148	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.71-2.75	0.3187	167	0.2852	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.8	0.3199	166	0.2935	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.85	0.3539	168	0.3104	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9	0.3884	166	0.2998	3149	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.9-2.96	0.3208	167	0.2958	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.03	0.3602	168	0.2591	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.1	0.2958	167	0.2471	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.18	0.3304	168	0.245	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.26	0.2613	167	0.2208	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.36	0.2329	168	0.2262	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.47	0.2807	169	0.2335	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.59	0.2527	168	0.2123	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.73	0.2232	168	0.2027	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.9	0.2112	169	0.1927	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.11	0.216	170	0.1732	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.37	0.1957	169	0.1661	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-4.7	0.1785	170	0.1467	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-5.18	0.1701	172	0.1596	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-5.92	0.24	173	0.1915	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
5.92-7.46	0.1974	174	0.1972	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
7.46-49.8	0.1692	184	0.1675	3491	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.63763533819	1.39599560107	-0.569713500111	1.54445395754	-0.115300377533	0.739523391051	0.276960172756	-0.466061041162	-0.224275376971	0.41519068155	-0.253067380642	-0.293095027995	0.0834876094516	0.355036904532	-0.0249740837038	0.51181085724	0.0446660455358	0.0209229078965	0.59109206896	-0.0888711940313	0.481511608012	-24.362274538	-80.0883143194	4.88559709583
2	1.99547621227	0.0603786603732	0.641546348669	1.81512708628	-0.442775389955	1.91469674526	-0.252752241543	0.168142666827	0.674537045156	0.0691191229991	0.0231426753283	-0.413699075854	-0.708558784195	0.492094414241	0.134774599072	0.587702208822	-0.137114949271	-0.0243845039572	0.529344001835	-0.0373314501988	0.735318496672	22.9772404178	-46.6691550136	-32.8386517979
3	0.775300926975	-0.320512531658	0.131442874856	1.14497530518	-0.624893296198	1.16180951736	-0.0764413862944	-0.11954698425	-0.0736265820907	0.0393509960533	0.029525557774	-0.164402248911	0.139627349152	0.203819577673	0.0621742805113	0.389002543594	0.0274696889751	0.0567975509251	0.476466985	0.00701019446351	0.466793400976	23.756183388	-85.0942449842	-29.4918796609
4	1.59509208079	-0.350257636646	0.256786370083	1.25934920767	0.135004431433	0.948010794252	0.0730275161772	-0.0809853286757	-0.0801102143895	0.0704509004087	0.0468881087357	0.346956233065	-0.118048914909	-0.383778280351	-0.112736351258	0.543437193357	0.12392724658	0.0108016219474	0.576842192241	0.0922553996834	0.485934392446	44.3781248744	-115.018532397	2.31015530973

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'B' and resid 5 through 445)	B	F	5 - 445	1 - 391
2	2	(chain 'D' and resid 3 through 445)	D	H	3 - 445	1 - 397
3	3	(chain 'C' and resid 3 through 446)	C	A	3 - 446	1 - 444
4	4	(chain 'A' and resid 3 through 444)	A	C	3 - 444	1 - 442

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