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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ajj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the disulfide reductase MerA from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | Dihydrolipoamide dehydrogenaseジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MerA / disulfide reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 水銀(II)レダクターゼ / mercury (II) reductase activity / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / 酸化還元酵素 / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Weiland, P. / Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2023 タイトル: MerA functions as a hypothiocyanous acid reductase and defense mechanism in Staphylococcus aureus. 著者: Shearer, H.L. / Loi, V.V. / Weiland, P. / Bange, G. / Altegoer, F. / Hampton, M.B. / Antelmann, H. / Dickerhof, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ajj.cif.gz | 793.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ajj.ent.gz | 554 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ajj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ajkC 1ebdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49284.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: merA, merA_1, merA_6, EDCC5055_00565, EP54_03600, EQ90_11215, GO814_00050, GO942_12510, GQX37_07850, NCTC10702_01041, SAGV69_02028, SAHC1335_01462, SAMEA70146418_00891 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A266CGC0, 水銀(II)レダクターゼ, 酸化還元酵素 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citrate pH 4.0, 5 % PEG 6000; pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→49.8 Å / Num. obs: 101104 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 61.17 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Net I/σ(I): 19.01 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.489 Å / 冗長度: 41.5 % / Rmerge(I) obs: 4.596 / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 9949 / CC1/2: 0.365 / % possible all: 99.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EBD 解像度: 2.4→49.8 Å / SU ML: 0.3911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.5164 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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