PDB-8aji: Crystal structure of DltE from L. plantarum, TCEP form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aji

タイトル

Crystal structure of DltE from L. plantarum, TCEP form

要素

Beta-lactamase family protein

キーワード

CELL CYCLE / carboxyesterase / D-alanylation / lipoteichoic acids

機能・相同性

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / L(+)-TARTARIC ACID / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase

機能・相同性情報

生物種

Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Ravaud, S. / Nikolopoulos, N. / Grangeasse, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of Lactiplantibacillus plantarum DltE& reveals D-alanylated lipoteichoic acids as direct cues supporting Drosophila juvenile growth.
著者: Nikolopoulos, N. / Matos, R. / Ravaud, S. / Courtin, P. / Akherraz, H. / Palussiere, S. / Gueguen-Chaignon, V. / Salomon-Mallet, M. / Guillot, A. / Guerardel, Y. / Chapot-Chartier, M.P. / ...

履歴

登録	2022年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aji.cif.gz	313.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aji.ent.gz	244 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aji_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aji_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8aji_validation.xml.gz	62.9 KB	表示
CIF形式データ	8aji_validation.cif.gz	92.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8aji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8aji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agrSC 8aikC 8akhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase family protein

B: Beta-lactamase family protein

C: Beta-lactamase family protein

D: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.236, 98.642, 135.934
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.799, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase family protein / Class A beta-lactamase-related serine hydrolase / Penicillin-binding protein PbpX / Serine-type D- ...Class A beta-lactamase-related serine hydrolase / Penicillin-binding protein PbpX / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 分子量: 41822.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: pbpX2, pbpX_4, C7M36_02596, E3O64_07015, E3U93_06380, FEE41_04205, IV39_GL001648, LPJSA22_01868, SN35N_2987 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0P7JVD2, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン分子量: 250.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium tartrate, TCEP HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→49.501 Å / Num. obs: 139757 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.395 / Num. unique obs: 6771 / CC_1/2: 0.811

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AGR

8agr

解像度: 1.94→49.501 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.33 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2124	1994	1.427 %
R_work	0.1833	137699	-
all	0.184	-	-
obs	-	139693	97.569 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.243 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.014 Å²	0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→49.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10510	0	126	1210	11846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	10949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.016	9975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.644	14784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.774	1.555	23297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.031	5	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.635	10	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.611	10	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.706	10	487
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	8389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5716
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.154	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.286	2.502	5423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.284	2.502	5423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.086	3.735	6782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.086	3.736	6783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.267	2.908	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.267	2.909	5527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.903	4.206	7985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.902	4.206	7986
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.554	34.882	12572
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.473	33.035	12261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.99	0.251	140	0.245	9870	X-RAY DIFFRACTION	95.2154
1.99-2.045	0.262	140	0.23	9719	X-RAY DIFFRACTION	95.8115
2.045-2.104	0.257	138	0.218	9508	X-RAY DIFFRACTION	96.3059
2.104-2.169	0.257	131	0.213	9237	X-RAY DIFFRACTION	96.7369
2.169-2.24	0.244	126	0.205	9040	X-RAY DIFFRACTION	97.1077
2.24-2.318	0.205	130	0.191	8639	X-RAY DIFFRACTION	96.8308
2.318-2.405	0.257	123	0.187	8464	X-RAY DIFFRACTION	97.5463
2.405-2.503	0.248	113	0.184	8109	X-RAY DIFFRACTION	97.3709
2.503-2.614	0.23	113	0.178	7793	X-RAY DIFFRACTION	97.4605
2.614-2.741	0.222	110	0.178	7503	X-RAY DIFFRACTION	97.8535
2.741-2.889	0.224	105	0.171	7190	X-RAY DIFFRACTION	98.5278
2.889-3.064	0.222	99	0.171	6803	X-RAY DIFFRACTION	98.7835
3.064-3.275	0.222	93	0.178	6419	X-RAY DIFFRACTION	99.072
3.275-3.536	0.208	88	0.179	5978	X-RAY DIFFRACTION	99.0206
3.536-3.871	0.166	82	0.165	5551	X-RAY DIFFRACTION	99.1202
3.871-4.325	0.165	73	0.152	4997	X-RAY DIFFRACTION	99.1396
4.325-4.987	0.147	64	0.153	4442	X-RAY DIFFRACTION	99.273
4.987-6.093	0.217	58	0.198	3759	X-RAY DIFFRACTION	99.6346
6.093-8.552	0.215	43	0.199	2976	X-RAY DIFFRACTION	99.7357

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関連情報:EMDBヘッダ

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