PDB-8agr: Crystal structure of DltE from L. plantarum, apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agr

タイトル

Crystal structure of DltE from L. plantarum, apo form

要素

Beta-lactamase family protein

キーワード

CELL CYCLE / carboxyesterase / D-alanylation / lipoteichoic acids

機能・相同性

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / membrane / Beta-lactamase class C and other penicillinbinding protein

機能・相同性情報

生物種

Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Ravaud, S. / Nikolopoulos, N. / Grangeasse, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of Lactiplantibacillus plantarum DltE& reveals D-alanylated lipoteichoic acids as direct cues supporting Drosophila juvenile growth.
著者: Nikolopoulos, N. / Matos, R. / Ravaud, S. / Courtin, P. / Akherraz, H. / Palussiere, S. / Gueguen-Chaignon, V. / Salomon-Mallet, M. / Guillot, A. / Guerardel, Y. / Chapot-Chartier, M.P. / ...

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agr.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agr.ent.gz	124.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8agr_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8agr_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	8agr_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	8agr_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aikC 8ajiC 8akhC 3wwxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Beta-lactamase family protein

B: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.874, 95.719, 68.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase family protein / Class A beta-lactamase-related serine hydrolase / Penicillin-binding protein PbpX / Serine-type D- ...Class A beta-lactamase-related serine hydrolase / Penicillin-binding protein PbpX / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 分子量: 41822.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: pbpX2, pbpX_4, C7M36_02596, E3O64_07015, E3U93_06380, FEE41_04205, IV39_GL001648, LPJSA22_01868, SN35N_2987 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0P7JVD2, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG MME 5K, Tris pH8.5, LiSO4, ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→47.86 Å / Num. obs: 64951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / R_pim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.86→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 39993 / R_pim(I) all: 0.441

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WWX

3wwx

解像度: 1.86→47.796 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / WR_factor R_free: 0.202 / WR_factor R_work: 0.165 / SU B: 2.901 / SU ML: 0.086 / Average fsc free: 0.9732 / Average fsc work: 0.9822 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	3142	4.84 %
R_work	0.1663	61780	-
all	0.168	-	-
obs	-	64922	99.826 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.013 Å²	0 Å²	0.008 Å²
2-	-	0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→47.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5058	0	31	845	5934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	5268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.031	0.016	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.643	7127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.712	1.554	11167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.172	5	673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.798	10	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.684	10	931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.061	10	242
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.291	1.381	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.287	1.381	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.888	2.06	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.889	2.061	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.477	1.699	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.477	1.699	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.806	2.426	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.806	2.426	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.529	24.24	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.528	24.241	6139

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.86-1.908	0.316	216	0.262	4544	0.264	4765	0.957	0.967	99.8951	0.263
1.908-1.96	0.264	223	0.228	4481	0.229	4711	0.961	0.972	99.8514	0.226
1.96-2.017	0.255	219	0.192	4273	0.195	4495	0.963	0.978	99.9333	0.187
2.017-2.079	0.21	236	0.175	4174	0.177	4413	0.974	0.982	99.932	0.17
2.079-2.147	0.213	208	0.167	4075	0.169	4290	0.974	0.983	99.8368	0.162
2.147-2.222	0.221	218	0.16	3903	0.163	4125	0.971	0.985	99.903	0.155
2.222-2.306	0.19	178	0.157	3804	0.159	3986	0.977	0.986	99.8997	0.153
2.306-2.4	0.216	179	0.155	3659	0.158	3842	0.971	0.986	99.8959	0.15
2.4-2.506	0.199	171	0.153	3517	0.155	3692	0.975	0.986	99.8917	0.149
2.506-2.628	0.2	146	0.152	3370	0.154	3518	0.975	0.986	99.9431	0.147
2.628-2.77	0.212	180	0.151	3205	0.154	3388	0.973	0.986	99.9115	0.147
2.77-2.938	0.197	155	0.159	2993	0.161	3155	0.976	0.985	99.7781	0.156
2.938-3.14	0.192	177	0.162	2808	0.163	2989	0.979	0.985	99.8662	0.16
3.14-3.39	0.179	142	0.156	2657	0.158	2801	0.982	0.987	99.9286	0.155
3.39-3.712	0.191	115	0.15	2436	0.152	2556	0.982	0.988	99.8044	0.151
3.712-4.147	0.144	103	0.132	2221	0.133	2330	0.989	0.99	99.7425	0.135
4.147-4.782	0.144	97	0.138	1967	0.138	2075	0.989	0.99	99.4699	0.145
4.782-5.842	0.277	71	0.191	1657	0.194	1736	0.975	0.985	99.5392	0.199
5.842-8.201	0.251	72	0.223	1289	0.224	1368	0.972	0.977	99.4883	0.232
8.201-47.796	0.132	36	0.214	747	0.209	795	0.991	0.966	98.4906	0.227

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