PDB-8aik: Crystal structure of DltE from L. plantarum, tartare bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aik

タイトル

Crystal structure of DltE from L. plantarum, tartare bound form

要素

Beta-lactamase family protein

キーワード

CELL CYCLE / carboxyesterase / D-alanylation / lipoteichoic acids

機能・相同性

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / membrane / L(+)-TARTARIC ACID / Beta-lactamase class C and other penicillinbinding protein

機能・相同性情報

生物種

Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ravaud, S. / Nikolopoulos, N. / Grangeasse, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of Lactiplantibacillus plantarum DltE& reveals D-alanylated lipoteichoic acids as direct cues supporting Drosophila juvenile growth.
著者: Nikolopoulos, N. / Matos, R. / Ravaud, S. / Courtin, P. / Akherraz, H. / Palussiere, S. / Gueguen-Chaignon, V. / Salomon-Mallet, M. / Guillot, A. / Guerardel, Y. / Chapot-Chartier, M.P. / ...

履歴

登録	2022年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aik.cif.gz	158.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aik.ent.gz	118.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agrSC 8ajiC 8akhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase family protein

B: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.690, 103.730, 152.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase family protein / Class A beta-lactamase-related serine hydrolase / Penicillin-binding protein PbpX / Serine-type D- ...Class A beta-lactamase-related serine hydrolase / Penicillin-binding protein PbpX / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 分子量: 41822.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: pbpX2, pbpX_4, C7M36_02596, E3O64_07015, E3U93_06380, FEE41_04205, IV39_GL001648, LPJSA22_01868, SN35N_2987 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0P7JVD2, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.384 Å / Num. obs: 56946 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3918 / CC_1/2: 0.787

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AGR

8agr

解像度: 1.95→46.384 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.061 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2211	2810	4.941 %
R_work	0.1825	54061	-
all	0.184	-	-
obs	-	56871	99.338 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.377 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.011 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5006	0	30	572	5608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	5185
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.016	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.642	7004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	1.555	11013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.226	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.337	10	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.227	10	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.935	10	233
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.53	3.151	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.529	3.151	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.299	4.711	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.299	4.712	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.791	3.618	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.787	3.617	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.716	5.248	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.715	5.248	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.012	41.023	5887
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.011	41.034	5888

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.345	220	0.316	3892	X-RAY DIFFRACTION	99.709
2.001-2.055	0.325	202	0.258	3837	X-RAY DIFFRACTION	99.7038
2.055-2.115	0.295	179	0.231	3819	X-RAY DIFFRACTION	99.8003
2.115-2.18	0.256	215	0.214	3577	X-RAY DIFFRACTION	99.7632
2.18-2.251	0.286	176	0.202	3545	X-RAY DIFFRACTION	99.7855
2.251-2.33	0.246	194	0.194	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.8623
2.33-2.418	0.26	158	0.181	3333	X-RAY DIFFRACTION	99.7999
2.418-2.516	0.257	171	0.181	3161	X-RAY DIFFRACTION	99.671
2.516-2.627	0.258	136	0.175	3098	X-RAY DIFFRACTION	99.5996
2.627-2.755	0.232	142	0.179	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.6763
2.755-2.904	0.259	141	0.189	2720	X-RAY DIFFRACTION	96.5901
2.904-3.079	0.228	125	0.19	2546	X-RAY DIFFRACTION	94.9858
3.079-3.291	0.203	143	0.184	2481	X-RAY DIFFRACTION	99.8858
3.291-3.553	0.215	107	0.199	2367	X-RAY DIFFRACTION	99.8386
3.553-3.89	0.184	108	0.174	2159	X-RAY DIFFRACTION	99.7799
3.89-4.345	0.166	98	0.139	1990	X-RAY DIFFRACTION	99.8565
4.345-5.01	0.188	96	0.135	1757	X-RAY DIFFRACTION	99.9461
5.01-6.118	0.184	100	0.165	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
6.118-8.578	0.194	59	0.178	1189	X-RAY DIFFRACTION	99.84

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)