[日本語] English
万見
- PDB-8aic: X-ray structure of the receptor binding domain of Env glycoprotei... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aic
タイトルX-ray structure of the receptor binding domain of Env glycoprotein of Simian Foamy virus
要素Envelope glycoprotein gp130
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Receptor binding domain (受容体)
機能・相同性Foamy virus envelope protein / Foamy virus envelope protein / host cell endoplasmic reticulum membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜 / Envelope glycoprotein gp130
機能・相同性情報
生物種Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Backovic, M. / Fernandez, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The crystal structure of a simian Foamy Virus receptor binding domain provides clues about entry into host cells.
著者: Fernandez, I. / Dynesen, L.T. / Coquin, Y. / Pederzoli, R. / Brun, D. / Haouz, A. / Gessain, A. / Rey, F.A. / Buseyne, F. / Backovic, M.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp130
B: Envelope glycoprotein gp130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,56515
ポリマ－80,5772
非ポリマー7,98813
水1,928107
1
A: Envelope glycoprotein gp130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4157
ポリマ－40,2891
非ポリマー4,1276
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Envelope glycoprotein gp130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1508
ポリマ－40,2891
非ポリマー3,8627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.624, 123.624, 191.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 109分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp130 / Env polyprotein


分子量: 40288.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
遺伝子: env / Variant: BAK74 / 細胞株 (発現宿主): 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Scneider / 参照: UniProt: K7YEW5
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 13分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium tartarate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.73 Å / Num. obs: 40619 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 70.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.04364 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 1.705 / Num. unique obs: 4041 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.3719 / % possible all: 99.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Related deposition D_1292124233

解像度: 2.8→46.73 Å / SU ML: 0.4391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9352
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 2113 5.2 %
Rwork0.1942 38547 -
obs0.1961 40615 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5432 0 547 107 6086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00436139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76098345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9891076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.43681380.42572548X-RAY DIFFRACTION98.28
2.86-2.940.43871440.35712564X-RAY DIFFRACTION99.45
2.94-3.010.35221350.2882580X-RAY DIFFRACTION99.45
3.01-3.10.30161420.24412527X-RAY DIFFRACTION99.33
3.1-3.20.3053940.23492607X-RAY DIFFRACTION99.52
3.2-3.320.27081320.22942541X-RAY DIFFRACTION99.55
3.32-3.450.28361380.24732604X-RAY DIFFRACTION99.64
3.45-3.610.28041350.24662558X-RAY DIFFRACTION99.63
3.61-3.80.20951480.17042544X-RAY DIFFRACTION99.63
3.8-4.040.20731500.15922588X-RAY DIFFRACTION99.71
4.04-4.350.20261350.14642582X-RAY DIFFRACTION99.89
4.35-4.780.16481290.14712583X-RAY DIFFRACTION99.82
4.78-5.480.20281580.15212559X-RAY DIFFRACTION99.85
5.48-6.890.21041530.19112601X-RAY DIFFRACTION99.96
6.9-46.730.20161820.18432561X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.3339561032 Å / Origin y: 43.2539780996 Å / Origin z: 29.6017111713 Å
111213212223313233
T0.306734165676 Å2-0.000928783116923 Å20.0370025467479 Å2-0.3585857523 Å20.0617885159651 Å2--0.418169753988 Å2
L1.13631787441 °2-0.348750620115 °20.815021785019 °2-0.462938307611 °2-0.400236378297 °2--1.68076303091 °2
S0.00245712235467 Å °-0.269543320402 Å °-0.159184213251 Å °0.0463820026903 Å °0.119337242762 Å °0.150445826828 Å °-0.0648325225016 Å °-0.235327497186 Å °-0.120010809704 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る