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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ai9 | ||||||
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タイトル | S10T variant of glutathione transferase Chi 1 from Synechocystis sp. PCC 6803 in complex with glutathione | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase family protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutathione transferase / cyanobateria / chi class / glutathione | ||||||
機能・相同性 | GLUTATHIONE / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Didierjean, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Chi-Class Glutathione Transferases: A Snapshot on the Glutathione Transferase Encoded by sll0067 Gene in the Cyanobacterium Synechocystis sp. Strain PCC 6803. 著者: Mocchetti, E. / Morette, L. / Mulliert, G. / Mathiot, S. / Guillot, B. / Dehez, F. / Chauvat, F. / Cassier-Chauvat, C. / Brochier-Armanet, C. / Didierjean, C. / Hecker, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ai8SC ![]() 8aibC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21480.760 Da / 分子数: 2 / 変異: S10T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: KBZ93_12025 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 40 mM potassium phosphate monobasic and 20% (w/v) glycerol |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→48.41 Å / Num. obs: 93931 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.593 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4590 / CC1/2: 0.836 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8AI8 解像度: 1.7→24.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.073
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.52 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å
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