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万見
- PDB-8ai8: Crystal structure of glutathione transferase Chi 1 from Synechocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ai8
タイトルCrystal structure of glutathione transferase Chi 1 from Synechocystis sp. PCC 6803 in complex with glutathione
要素Glutathione S-transferase family protein
キーワードTRANSFERASE / Glutathione transferase / cyanobateria / chi class / glutathione
機能・相同性GLUTATHIONE / :
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Didierjean, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Chi-Class Glutathione Transferases: A Snapshot on the Glutathione Transferase Encoded by sll0067 Gene in the Cyanobacterium Synechocystis sp. Strain PCC 6803.
著者: Mocchetti, E. / Morette, L. / Mulliert, G. / Mathiot, S. / Guillot, B. / Dehez, F. / Chauvat, F. / Cassier-Chauvat, C. / Brochier-Armanet, C. / Didierjean, C. / Hecker, A.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase family protein
B: Glutathione S-transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5484
ポリマ－42,9332
非ポリマー6152
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.483, 92.483, 193.611
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-516-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase family protein


分子量: 21466.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: KBZ93_12025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F1AEX2
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 40 mM potassium phosphate monobasic and 20% (w/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.4 Å / Num. obs: 92986 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.168 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4529 / CC1/2: 0.832

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LSZ

3lsz


解像度: 1.7→24.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.078 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.073
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 4545 -RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.2049 92839 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.517 Å20 Å20 Å2
2---5.517 Å20 Å2
3---11.034 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 40 445 3347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083093HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.94218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1048SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes525HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3093HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion402SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies15HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3105SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.52
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 83 -
Rwork0.2868 --
obs0.2867 1857 99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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