PDB-8ahn: Sin Nombre virus Gn in complex with Fab SNV-42

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahn

タイトル

Sin Nombre virus Gn in complex with Fab SNV-42

要素

Envelope polyprotein
Fab SNV-42 heavy chain
Fab SNV-42 light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / Sin Nombre / virus / hantavirus / Fab / SNV-42 / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virion membrane / cell surface / signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stass, R. / Bowden, T.A.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Mechanistic basis for potent neutralization of Sin Nombre hantavirus by a human monoclonal antibody.
著者: Stass, R. / Engdahl, T.B. / Chapman, N.S. / Wolters, R.M. / Handal, L.S. / Diaz, S.M. / Crowe Jr., J.E. / Bowden, T.A.

履歴

登録	2022年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahn.cif.gz	318.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahn.ent.gz	254.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahn_validation.pdf.gz	825.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahn_full_validation.pdf.gz	832.1 KB	表示
XML形式データ	8ahn_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	8ahn_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5opgS 5ur8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Envelope polyprotein

L: Fab SNV-42 light chain

H: Fab SNV-42 heavy chain

ヘテロ分子

86.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.926, 146.420, 157.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-642- HOH

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体	Fab SNV-42 light chain 分子量: 22906.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	Fab SNV-42 heavy chain 分子量: 23642.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 762分子 A

#1: タンパク質	Envelope polyprotein / M polyprotein 分子量: 39286.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K9MNN9
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.2 M tri-ammonium citrate pH 7.0 and 20% w/v polyethylene glycol 3350 Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→46.62 Å / Num. obs: 95210 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 14 %

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.83	1.1	4682	0.379	1.434	99.7
4.88-46.64	50.4	5023	0.015	0.056	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
xia2	3.8.0-g3d57088-dials-3.8	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2	3.8.0-g3d57088-dials-3.8	データ削減
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 5OPG and PDB ID 5UR8

5opg

5ur8

解像度: 1.8→46.62 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	4846	5.09 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1911	95137	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5618	0	42	761	6421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	8238
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.413	863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	953
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3176	138	0.2961	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.2937	171	0.2812	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2991	136	0.2697	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2765	147	0.2577	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2706	162	0.2553	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.248	165	0.2556	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.3046	160	0.2542	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2948	151	0.2467	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2587	147	0.2273	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2485	170	0.2208	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2613	175	0.2188	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2391	155	0.2079	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2436	161	0.2025	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.289	161	0.2137	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2516	174	0.2068	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2559	187	0.2033	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2718	195	0.2114	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2404	144	0.2055	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2161	164	0.1988	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2518	137	0.2018	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2382	133	0.2024	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2443	159	0.1912	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.2364	146	0.1934	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.2366	191	0.1902	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.2097	176	0.183	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.2107	173	0.173	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.2116	133	0.1708	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1694	168	0.142	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.1553	173	0.1475	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-46.62	0.2002	194	0.1858	3132	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2286	0.2201	0.0165	1.0751	0.5123	3.4606	-0.0279	0.5653	-0.0827	-0.1932	0.1045	0.12	0.121	-0.4798	-0.0688	0.253	-0.0824	-0.0455	0.5401	0.0865	0.2475	70.088	41.005	-6.941
2	1.3053	0.2494	0.8335	0.5313	0.3398	1.0728	-0.0178	-0.1243	0.0907	0.0587	-0.0257	0.0186	-0.0207	-0.1129	0.0476	0.1762	0.01	0.0538	0.157	0.0195	0.1886	84.988	52.675	43.95

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:128 OR RESID 130:220 OR RESID 230:241 OR RESID 243:303 OR RESID 305:344 ) )	A	22 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:128 OR RESID 130:220 OR RESID 230:241 OR RESID 243:303 OR RESID 305:344 ) )	A	130 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:128 OR RESID 130:220 OR RESID 230:241 OR RESID 243:303 OR RESID 305:344 ) )	A	230 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:128 OR RESID 130:220 OR RESID 230:241 OR RESID 243:303 OR RESID 305:344 ) )	A	243 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:128 OR RESID 130:220 OR RESID 230:241 OR RESID 243:303 OR RESID 305:344 ) )	A	305 - 344
6	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 2:2 )	B	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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