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- PDB-8ahc: Crystal structure of the BRD9 bromodomain with BI-7189 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ahc
タイトルCrystal structure of the BRD9 bromodomain with BI-7189
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードGENE REGULATION / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M2O / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.504 Å
データ登録者Bader, G. / Boettcher, J. / Weiss-Puxbaum, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Chemical Probe to Study Implications of BPTF Bromodomain Inhibition in Cellular and in vivo Experiments.
著者: Martinelli, P. / Schaaf, O. / Mantoulidis, A. / Martin, L.J. / Fuchs, J.E. / Bader, G. / Gollner, A. / Wolkerstorfer, B. / Rogers, C. / Balikci, E. / Lipp, J.J. / Mischerikow, N. / Doebel, S. ...著者: Martinelli, P. / Schaaf, O. / Mantoulidis, A. / Martin, L.J. / Fuchs, J.E. / Bader, G. / Gollner, A. / Wolkerstorfer, B. / Rogers, C. / Balikci, E. / Lipp, J.J. / Mischerikow, N. / Doebel, S. / Gerstberger, T. / Sommergruber, W. / Huber, K.V.M. / Bottcher, J.
履歴
登録2022年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1624
ポリマ－28,5002
非ポリマー6632
水5,134285
1
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5812
ポリマ－14,2501
非ポリマー3311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5812
ポリマ－14,2501
非ポリマー3311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.883, 125.201, 29.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 14249.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-M2O / [2,6-dimethoxy-4-(1,2,5-trimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)phenyl]methyl-dimethyl-azanium


分子量: 331.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.44 / 詳細: 100 mM Tris 28% glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.504→62.6 Å / Num. obs: 25083 / % possible obs: 59.5 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.504→1.672 Å / Num. unique obs: 1254 / CC1/2: 0.828

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5F1H

5f1h


解像度: 1.504→62.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1286 5.13 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2121 25083 59.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 103.69 Å2 / Biso mean: 41.03 Å2 / Biso min: 15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9158 Å20 Å20 Å2
2---2.5011 Å20 Å2
3---0.5853 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.504→62.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1847 0 48 285 2180
Biso mean--29.14 45.98 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1139SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes586HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1950HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion244SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3395SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3897HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7065HARMONIC20.76
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.29
LS精密化 シェル解像度: 1.504→1.6 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3721 25 4.98 %
Rwork0.287 477 -
obs--6.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8481-0.2007-0.92158.96491.27120.52490.20990.02640.149-0.1392-0.11230.2337-0.0689-0.3005-0.0976-0.05940.0853-0.004-0.0079-0.00540.019716.12368.6995.9446
22.0854-1.75650.28994.9413-0.30341.1439-0.2497-0.0501-0.16960.0540.14030.02410.2923-0.03880.10940.07880.01470.0858-0.0723-0.0108-0.03368.271842.00347.78
30-1.0165-0.01220.1066-0.21570-0.02720.0138-0.2797-0.01920.00830.7037-0.08370.01920.0189-0.0981-0.00680.0180.0263-0.07680.30011.083222.54565.4386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A22 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B21 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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