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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ah5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein in the space group P212121 at pH 4.6 | ||||||
要素 | cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / PDZ domain (PDZドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 胚 / AMPA glutamate receptor clustering / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / kinase binding / 細胞接着 / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / neuron projection 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
Model details | pH 4.0 P3112 polymorph | ||||||
データ登録者 | Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2023 タイトル: pH-Driven Polymorphic Behaviour of the Third PDZ Domain of PSD95: The Role of Electrostatic Interactions 著者: Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M. / Gavira, J.A. / Murciano-Calles, J. / Andujar-Sanchez, M. / Ortiz-Salmeron, E. / Martinez, J.C. / Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ah5.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ah5.ent.gz | 55.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ah5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11148.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7Z4H2 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 30% PEG4K, 0.2M AMSO4, 0.1M AcONa |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.25→19.35 Å / Num. obs: 22582 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 242181 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QJI 解像度: 1.25→19.35 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 44.86 Å2 / Biso mean: 14.3678 Å2 / Biso min: 6.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.25→19.35 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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