PDB-8ah3: DG04279 glycoside hydrolase family 172

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ah3

タイトル

DG04279 glycoside hydrolase family 172

要素

DG02479 GH127

キーワード

HYDROLASE / arabinogalactan / glycoside hydrolase family 172 / GH172 / arabinofuranosidase / hexamer

機能・相同性

Protein of unknown function DUF2961 / Protein of unknown function (DUF2961) / metal ion binding / DUF2961 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Dysgonomonas gadei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Al-Jourani, O. / Lowe, E.C. / Basle, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mining the human gut microbiome identifies mycobacterial D-arabinan degrading enzymes
著者: Al-Jourani, O. / Benedict, S. / Ross, J. / Layton, A. / van der Peet, P. / Bailey, N.P. / Heunis, T. / Marando, V. / Manion, J. / Mensitieri, F. / Abellon-Ruiz, J. / Oram, S.L. / Parsons, L. ...

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ah3.cif.gz	160.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ah3.ent.gz	119.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ah3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kq7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DG02479 GH127

ヘテロ分子

43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DG02479 GH127

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
261 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_445	-y-1,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_545	-x+y,-x-1,z	1
crystal symmetry operation	16_544	y+1/3,x-1/3,-z-1/3	1
crystal symmetry operation	17_434	x-y-2/3,-y-4/3,-z-1/3	1
crystal symmetry operation	18_444	-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.150, 89.150, 289.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- CA

#1: タンパク質	DG02479 GH127 分子量: 43347.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dysgonomonas gadei (バクテリア) / 遺伝子: HMPREF9455_02479 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F5IZG2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM MOPS/HEPES pH 7.5, 20 mM 1,6-Hexanediol; 20 mM 1-Butanol 20 mM 1,2-Propanediol; 20 mM 2-Propanol; 20 mM 1,4-Butanediol; 20 mM 1,3-Propanedioalcohol, 20 % Etylene Glycol and 10 % PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→68.112 Å / Num. obs: 87401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
7.67-68.11	9.3	87401	0.999	1
1.4-1.42	6.6	4237	0.412	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
xia2		データスケーリング
pointless		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
MolProbity		モデル構築
REFMAC	5	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KQ7

4kq7

解像度: 1.4→68.112 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.4 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	4427	5.065 %
R_work	0.1622	82973	-
all	0.163	-	-
obs	-	87400	99.921 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.865 Å²	0.432 Å²	0 Å²
2-	-	0.865 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.805 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→68.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3043	0	4	208	3255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.644	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.551	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.685	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.547	10	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.062	10	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.712	10	165
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.087	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.303	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.092	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.049	2.463	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.009	2.463	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.497	3.688	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.498	3.689	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.162	2.729	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.161	2.73	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.584	3.972	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.584	3.973	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.223	36.647	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.174	35.354	3512

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.408	334	0.396	6027	0.397	6412	0.855	0.855	99.2046	0.384
1.436-1.476	0.353	307	0.355	5942	0.355	6250	0.879	0.877	99.984	0.332
1.476-1.518	0.316	315	0.311	5749	0.312	6068	0.892	0.895	99.9341	0.285
1.518-1.565	0.276	268	0.275	5627	0.275	5895	0.93	0.926	100	0.246
1.565-1.616	0.254	332	0.24	5374	0.241	5709	0.945	0.946	99.9474	0.208
1.616-1.673	0.229	303	0.212	5244	0.213	5549	0.958	0.961	99.964	0.181
1.673-1.736	0.214	294	0.193	5069	0.194	5363	0.968	0.971	100	0.16
1.736-1.807	0.191	242	0.169	4903	0.17	5147	0.974	0.978	99.9611	0.14
1.807-1.887	0.168	244	0.154	4707	0.154	4952	0.979	0.983	99.9798	0.128
1.887-1.979	0.165	234	0.142	4491	0.143	4725	0.981	0.986	100	0.123
1.979-2.086	0.17	226	0.142	4308	0.143	4534	0.981	0.987	100	0.128
2.086-2.213	0.171	203	0.145	4049	0.146	4252	0.98	0.986	100	0.133
2.213-2.366	0.178	202	0.134	3825	0.136	4027	0.981	0.989	100	0.127
2.366-2.555	0.159	195	0.123	3580	0.125	3775	0.985	0.991	100	0.12
2.555-2.798	0.156	173	0.125	3300	0.127	3473	0.985	0.99	100	0.128
2.798-3.128	0.16	150	0.137	2995	0.138	3145	0.986	0.989	100	0.146
3.128-3.61	0.155	151	0.149	2654	0.149	2805	0.985	0.987	100	0.164
3.61-4.419	0.165	110	0.149	2281	0.15	2391	0.985	0.988	100	0.178
4.419-6.236	0.192	89	0.151	1786	0.153	1876	0.986	0.99	99.9467	0.188
6.236-68.112	0.154	55	0.174	1062	0.172	1119	0.983	0.984	99.8213	0.219

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関連情報:EMDBヘッダ

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