PDB-8agf: Crystal structure of human Thiosulfate sulfurtransferase amino ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agf

タイトル

Crystal structure of human Thiosulfate sulfurtransferase amino acids 2-297

要素

Thiosulfate sulfurtransferase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / MITOCANDRIAL ENZYME Human chromosome 22

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfur amino acid catabolic process / rRNA transport / cyanate catabolic process / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / Sulfide oxidation to sulfate / thiosulfate sulfurtransferase / Degradation of cysteine and homocysteine / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / rRNA import into mitochondrion / epithelial cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Goor, H.v. / Grove, M.R. / AL-Dahmani, Z.m.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of human Thiosulfate sulfurtransferase
著者: ALDahmani, Z. / Groves, M. / Goor, H. / Wang, C.

履歴

登録	2022年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agf.cif.gz	206.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agf.ent.gz	162.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bohS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiosulfate sulfurtransferase

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.930, 48.543, 152.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.369, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Thiosulfate sulfurtransferase / Rhodanese 分子量: 32648.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16762, thiosulfate sulfurtransferase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, Tris, calcium chloride dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→46.272 Å / Num. obs: 4269 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.878 / R_merge(I) obs: 0.599 / R_pim(I) all: 0.368 / R_rim(I) all: 0.705 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 9→46.23 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Num. unique obs: 4269 / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.138

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BOH

1boh

解像度: 3.4→46.272 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.801 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 89.159 / SU ML: 0.619 / Average fsc free: 0.856 / Average fsc work: 0.902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.73 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2781	226	5.296 %
R_work	0.1956	4041	-
all	0.2	-	-
obs	-	4267	98.522 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.789 Å²	0 Å²	-0.006 Å²
2-	-	2.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.693 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→46.272 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	0	0	2302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.648	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.16	1.577	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.232	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.492	20.149	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.822	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.647	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.056	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.376	1.683	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.366	1.682	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.676	2.523	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.677	2.525	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.299	1.721	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.299	1.721	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.557	2.561	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.557	2.562	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.439	19.693	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.438	19.701	2790

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.488	0.354	17	0.246	286	X-RAY DIFFRACTION	92.6606
3.488-3.584	0.416	20	0.243	269	X-RAY DIFFRACTION	98.9726
3.584-3.687	0.359	15	0.214	291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.687-3.801	0.267	12	0.216	283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.801-3.925	0.255	13	0.204	251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.925-4.062	0.347	8	0.18	284	X-RAY DIFFRACTION	100
4.062-4.215	0.196	13	0.178	252	X-RAY DIFFRACTION	99.6241
4.387-4.581	0.215	14	0.167	234	X-RAY DIFFRACTION	98.4127
4.581-4.804	0.237	15	0.16	213	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
4.804-5.063	0.226	8	0.194	211	X-RAY DIFFRACTION	100
5.063-5.368	0.361	8	0.205	215	X-RAY DIFFRACTION	98.6726
5.368-5.737	0.257	11	0.212	171	X-RAY DIFFRACTION	98.913
5.737-6.193	0.29	8	0.2	178	X-RAY DIFFRACTION	97.3822
6.193-6.78	0.334	15	0.205	144	X-RAY DIFFRACTION	94.6429
6.78-7.573	0.227	14	0.173	139	X-RAY DIFFRACTION	96.8354
7.573-8.73	0.393	11	0.154	129	X-RAY DIFFRACTION	100
8.73-10.656	0.09	2	0.152	125	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.7928 Å / Origin y: -24.5208 Å / Origin z: -22.4109 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1304 Å²	-0.0213 Å²	0.0488 Å²	-	0.0333 Å²	-0.0111 Å²	-	-	0.0274 Å²
L	0.9961 °²	-0.1472 °²	0.4814 °²	-	1.3628 °²	-0.4599 °²	-	-	1.0651 °²
S	0.035 Å °	0.0615 Å °	-0.0072 Å °	0.0026 Å °	0.0034 Å °	0.1101 Å °	0.0034 Å °	0.0416 Å °	-0.0384 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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