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- PDB-8ag6: human MutSalpha (MSH2/MSH6) binding to DNA with a GT mismatch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ag6
タイトルhuman MutSalpha (MSH2/MSH6) binding to DNA with a GT mismatch
要素
  • (DNA (50-MER)) x 2
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA mismatch repair / MMR / MutSa / Lynch Syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / meiotic mismatch repair / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mitotic recombination / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / response to UV / : / B cell differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / double-strand break repair / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily ...MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein Msh6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bruekner, S.R. / Sixma, T.K.
資金援助 オランダ, European Union, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)NOW-TOP 714.016.002 オランダ
European CommissionH2020-MSCA-ITN-2016 722433 DNAREPAIRMANEuropean Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Unexpected moves: a conformational change in MutSα enables high-affinity DNA mismatch binding.
著者: Susanne R Bruekner / Wietske Pieters / Alexander Fish / A Manuel Liaci / Serge Scheffers / Emily Rayner / Daphne Kaldenbach / Lisa Drost / Marleen Dekker / Sandrine van Hees-Stuivenberg / ...著者: Susanne R Bruekner / Wietske Pieters / Alexander Fish / A Manuel Liaci / Serge Scheffers / Emily Rayner / Daphne Kaldenbach / Lisa Drost / Marleen Dekker / Sandrine van Hees-Stuivenberg / Elly Delzenne-Goette / Charlotte de Konink / Hellen Houlleberghs / Hendrikus Jan Dubbink / Abeer AlSaegh / Niels de Wind / Friedrich Förster / Hein Te Riele / Titia K Sixma /
要旨: The DNA mismatch repair protein MutSα recognizes wrongly incorporated DNA bases and initiates their correction during DNA replication. Dysfunctions in mismatch repair lead to a predisposition to ...The DNA mismatch repair protein MutSα recognizes wrongly incorporated DNA bases and initiates their correction during DNA replication. Dysfunctions in mismatch repair lead to a predisposition to cancer. Here, we study the homozygous mutation V63E in MSH2 that was found in the germline of a patient with suspected constitutional mismatch repair deficiency syndrome who developed colorectal cancer before the age of 30. Characterization of the mutant in mouse models, as well as slippage and repair assays, shows a mildly pathogenic phenotype. Using cryogenic electron microscopy and surface plasmon resonance, we explored the mechanistic effect of this mutation on MutSα function. We discovered that V63E disrupts a previously unappreciated interface between the mismatch binding domains (MBDs) of MSH2 and MSH6 and leads to reduced DNA binding. Our research identifies this interface as a 'safety lock' that ensures high-affinity DNA binding to increase replication fidelity. Our mechanistic model explains the hypomorphic phenotype of the V63E patient mutation and other variants in the MBD interface.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh6
E: DNA (50-MER)
F: DNA (50-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,9026
ポリマ－294,4514
非ポリマー4522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration was performed to purify the MutSalpha complex, surface plasmon resonance, SPR was performed to validate DNA binding
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14590 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area90940 Å2

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要素

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DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2 / hMSH2 / MutS protein homolog 2


分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh6 / hMSH6 / G/T mismatch-binding protein / GTBP / GTMBP / MutS protein homolog 6 / MutS-alpha 160 kDa ...hMSH6 / G/T mismatch-binding protein / GTBP / GTMBP / MutS protein homolog 6 / MutS-alpha 160 kDa subunit / p160


分子量: 158767.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH6, GTBP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52701

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#3: DNA鎖 DNA (50-MER)


分子量: 15418.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (50-MER)


分子量: 15402.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1MutSalpha on mismatched DNACOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2MSH2COMPLEX#11RECOMBINANThas ADP+Mg bound
3MSH6COMPLEX#21RECOMBINANTContains N-terminal 10His-TwinStrep tag removable by 3C
4DNA containing a G/T mismatchCOMPLEX#3-#41MULTIPLE SOURCES
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.294 MDaNO
210.105 MDaNO
310.159 MDaNO
410.031 MDaNO
54
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108pFastBac Dual
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
43Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
54Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESHEPES1
2150 mMpotassium chlorideKCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMTCEPTCEP1
試料濃度: 0.53 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 2 uM MutSa with 2-fold excess DNA oligo
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 s blotting with blot force 10

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50.000000001 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4821

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.10.0画像取得
4RELION4CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
14Coot0.9.7モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5412220
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 289289 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: PDB-REDO webserver: https://pdb-redo.eu/
原子モデル構築PDB-ID: 2O8B

2o8b


Accession code: 2O8B / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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