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- PDB-8afk: Structure of iRFP variant C15S/N136R/V256C in complex with phycoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8afk
タイトルStructure of iRFP variant C15S/N136R/V256C in complex with phycocyanobilin
要素Near-infrared fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / iRFP / phytochrome / phycocyanobilin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Near-infrared fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.015 Å
データ登録者Remeeva, A. / Kovalev, K. / Gushchin, I. / Fonin, A. / Turoverov, K. / Stepanenko, O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of iRFP variant C15S/N136R/V256C in complex with phycocyanobilin
著者: Remeeva, A. / Kovalev, K. / Gushchin, I. / Fonin, A. / Turoverov, K. / Stepanenko, O.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22026年3月4日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Near-infrared fluorescent protein
B: Near-infrared fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5214
ポリマ－69,3432
非ポリマー1,1772
水2,414134
1
A: Near-infrared fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2602
ポリマ－34,6721
非ポリマー5891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Near-infrared fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2602
ポリマ－34,6721
非ポリマー5891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.806, 98.708, 156.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Near-infrared fluorescent protein


分子量: 34671.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
遺伝子: iRFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1FNL7
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG1000 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.015→69.7 Å / Num. obs: 30361 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.9994 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.257
反射 シェル解像度: 2.015→2.182 Å / Num. unique obs: 1898 / CC1/2: 0.2832 / Rpim(I) all: 1.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40000 / 解像度: 2.015→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.319 / SU Rfree Blow DPI: 0.235 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1533 5.06 %RANDOM
Rwork0.2401 ---
obs0.2422 30312 75.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.18 Å2 / Biso mean: 57.27 Å2 / Biso min: 30.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2082 Å20 Å20 Å2
2--1.2931 Å20 Å2
3----0.0849 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.015→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4247 0 86 134 4467
Biso mean--57.66 55.05 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1484SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes759HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4483HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion607SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3611SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4483HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6118HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.21
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3981 22 3.62 %
Rwork0.3465 585 -
all0.3483 607 -
obs--10.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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