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万見
- PDB-8afj: tRNA modifying enzyme MiaE soaked in Na-dithionite in a glovebox ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8afj
タイトルtRNA modifying enzyme MiaE soaked in Na-dithionite in a glovebox and flash-cooled using a miniature-airlock
要素tRNA hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / anaerobic crystallisation / glove box / methodology
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-(2-methylthio-N-6-(cis-hydroxy)isopentenyl adenosine)-hydroxylase activity / tRNA modification / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA-hydroxylase MiaE / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / tRNA-(Ms[2]io[6]A)-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者van der Linden, P. / Engilberge, S. / Atta, M. / Carpentier, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: tRNA modifying enzyme MiaE soaked in Na-dithionite in a glovebox and flash-cooled using a miniature-airlock
著者: van der Linden, P. / Engilberge, S. / Atta, M. / Carpentier, P.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: tRNA hydroxylase
A: tRNA hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,50216
ポリマ－45,3222
非ポリマー1,18014
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.276, 51.845, 78.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

CA

21A-464-

HOH

31A-491-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 tRNA hydroxylase / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / tRNA-(Ms[2]io[6]A)-hydroxylase


分子量: 22661.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: AYO08_21560, CBL13_00280, CBP06_18695 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A179QS89

-
非ポリマー , 7種, 263分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5M CaCl2, 25% PEG 6 K and 0.2M Tris buffer at pH 8.5 and 10 mM sodium dithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→47.41 Å / Num. obs: 37525 / % possible obs: 83.1 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.59→1.79 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1808 / CC1/2: 0.71 / Rrim(I) all: 0.66 / % possible all: 55.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZMB

6zmb


解像度: 1.6→40.62 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1933 5.15 %
Rwork0.2 35587 -
obs0.201 37520 60 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.02 Å2 / Biso mean: 28.36 Å2 / Biso min: 10.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3086 0 121 249 3456
Biso mean--42.45 35.46 -
残基数----394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.495980.368286942
1.64-1.680.3406100.32441891995
1.68-1.730.3769220.293846648811
1.73-1.790.3999420.29791195322
1.79-1.850.3148790.29521323140232
1.85-1.920.27951220.27622386250857
1.92-2.010.27281970.25823474367182
2.01-2.120.2631790.23573823400290
2.12-2.250.2672090.21363894410392
2.25-2.420.23122070.20383895410292
2.42-2.670.25192220.20293865408791
2.67-3.050.21682180.20153573379184
3.05-3.850.20692120.17813897410992
3.85-40.620.19412060.17263805401187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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