PDB-8afg: K352D oxalyl-CoA synthetase Pcs60p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8afg

タイトル

K352D oxalyl-CoA synthetase Pcs60p

要素

Oxalate--CoA ligase

キーワード

LIGASE / Peroxisome / Oxalyl-CoA ligase / Oligomer / Yeast

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalate-CoA ligase / oxalate-CoA ligase activity / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / oxalate catabolic process / peroxisomal membrane / peroxisomal matrix / fatty acid metabolic process / mRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Burgi, J. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Asymmetric horseshoe-like assembly of peroxisomal yeast oxalyl-CoA synthetase.
著者: Jérôme Bürgi / Pascal Lill / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Cy M Jeffries / Grzegorz Chojnowski / Stefan Raunser / Christos Gatsogiannis / Matthias Wilmanns /

要旨: Oxalyl-CoA synthetase from is one of the most abundant peroxisomal proteins in yeast and hence has become a model to study peroxisomal translocation. It contains a C-terminal Peroxisome Targeting ...

履歴

登録	2022年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8afg.cif.gz	337 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8afg.ent.gz	265 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8afg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8afg_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8afg_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	8afg_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	8afg_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	15646C 8affC 8atdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Oxalate--CoA ligase

B: Oxalate--CoA ligase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SAXS, Stable dimer across all protein concentration tested.

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.931, 125.600, 80.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.929, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 9 - 437 / Label seq-ID: 9 - 437

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Oxalate--CoA ligase / Acyl-activating enzyme 3 / Oxalyl-CoA synthetase / Peroxisomal-coenzyme A synthetase 分子量: 60562.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PCS60, AAE3, FAT2, YBR222C, YBR1512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38137, oxalate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium sulfate 0.15M, MES 0.1M pH6, PEG 4000 15%(w/v) PH範囲: 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→47.092 Å / Num. obs: 43458 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4561 / CC_1/2: 0.514 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 2.45→47.092 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 24.215 / SU ML: 0.246 / Average fsc free: 0.862 / Average fsc work: 0.8733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.261 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	2241	5.16 %
R_work	0.2057	41192	-
all	0.208	-	-
obs	-	43433	99.894 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.434 Å²	-0 Å²	-0.189 Å²
2-	-	-1.158 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.092 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7192	0	25	152	7369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	7395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.828	1.639	10052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.597	5	907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.708	22.65	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.842	15	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.93	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.161	3.378	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.563	5.049	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.609	3.531	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.056	5.211	5505
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.285	44.67	10446
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.088	0.05	13618

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08759	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08759	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.514	0.361	192	0.308	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.876
2.514-2.582	0.28	140	0.29	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.8714
2.582-2.657	0.32	178	0.293	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.9669
2.657-2.739	0.309	165	0.273	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.7968
2.739-2.829	0.294	157	0.266	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-2.928	0.259	146	0.24	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.9276
2.928-3.038	0.264	145	0.225	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.9629
3.038-3.162	0.261	115	0.205	2463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.302	0.237	111	0.2	2334	X-RAY DIFFRACTION	99.9183
3.302-3.463	0.227	103	0.18	2250	X-RAY DIFFRACTION	99.9151
3.463-3.65	0.207	106	0.18	2153	X-RAY DIFFRACTION	99.8674
3.65-3.871	0.212	116	0.177	1985	X-RAY DIFFRACTION	99.9524
3.871-4.138	0.226	105	0.17	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.9501
4.138-4.468	0.209	97	0.167	1780	X-RAY DIFFRACTION	99.9467
4.468-4.893	0.195	86	0.158	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.941
4.893-5.468	0.221	95	0.177	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
5.468-6.309	0.281	63	0.23	1297	X-RAY DIFFRACTION	99.9265
6.309-7.715	0.291	56	0.203	1110	X-RAY DIFFRACTION	99.8288
7.715-10.86	0.2	41	0.162	871	X-RAY DIFFRACTION	99.8905
10.86-47.092	0.283	24	0.236	489	X-RAY DIFFRACTION	98.088

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2752	0.0637	-0.0852	0.5401	-0.0228	0.1331	0.0115	0.009	-0.0106	-0.0354	-0.0556	-0.0692	-0.0089	-0.0484	0.0441	0.0052	0.0055	-0.0183	0.0277	0.0079	0.2798	-5.7553	-0.1207	-14.436
2	0.303	0.3054	-0.0528	0.5443	-0.0601	0.3327	0.0614	0.0285	0.0174	0.1218	-0.0201	0.0733	0.0191	0.0873	-0.0413	0.0356	0.0018	-0.0205	0.0382	-0.0146	0.2588	17.8136	0.887	20.2636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	8 - 507
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	602
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	9 - 438
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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