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- PDB-8aes: Crystal structure of a thermophilic O6-alkylguanine-DNA alkyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aes
タイトルCrystal structure of a thermophilic O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase-derived self-labeling protein-tag
要素Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Self-labelling protein tag / rational mutagenesis / O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase / CLIP-tag.
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Genta, M. / Perugino, G. / Miggiano, R.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Fondazione CARIPLO イタリア
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: First thermostable CLIP- tag by rational design applied to an archaeal O 6 -alkyl-guanine-DNA-alkyl-transferase.
著者: Merlo, R. / Mattossovich, R. / Genta, M. / Valenti, A. / Di Mauro, G. / Minassi, A. / Miggiano, R. / Perugino, G.
履歴
登録2022年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
D: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
E: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
F: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
G: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
H: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
I: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
J: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,49210
ポリマ－190,49210
非ポリマー00
水91951
1
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.835, 119.435, 180.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 19049.176 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
遺伝子: ogt, SSO2487 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q97VW7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M tri-Potassium citrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.38 Å / Num. obs: 53272 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.756 / Num. unique obs: 7791

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zye

4zye


解像度: 2.8→47.38 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 2641 4.96 %
Rwork0.196 50582 -
obs0.1989 53223 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.24 Å2 / Biso mean: 54.9617 Å2 / Biso min: 26.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12086 0 0 51 12137
Biso mean---45.56 -
残基数----1522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.850.37851480.31832640278899
2.85-2.910.36951440.28652663280799
2.91-2.970.35041320.27812653278599
2.97-3.030.34151230.26532634275798
3.03-3.10.33921270.2632674280199
3.1-3.180.35781410.25822689283099
3.18-3.260.31551100.25512691280199
3.26-3.360.28671340.21492678281299
3.36-3.470.28731360.21812648278498
3.47-3.590.30231500.21392606275698
3.59-3.740.28891380.20272647278597
3.74-3.910.26341410.19792652279398
3.91-4.110.26421490.17742640278998
4.11-4.370.19471580.15142638279699
4.37-4.710.19771350.1482672280798
4.71-5.180.18441350.14622685282097
5.18-5.930.20521440.16842632277696
5.93-7.460.21271630.18052678284197
7.46-47.380.2211330.18062762289594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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