PDB-8aeh: X-ray structure of Canis familiaris Odorant Binding Protein 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aeh

タイトル

X-ray structure of Canis familiaris Odorant Binding Protein 1

要素

Major allergen Can f 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Odorant binding protein

機能・相同性

von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1

機能・相同性情報

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Schwartz, M. / Briand, L.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of dog odorant binding protein
著者: Glaz, M. / Schwartz, M. / Briand, L.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aeh.cif.gz	39 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aeh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aeh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aeh_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aeh_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	8aeh_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	8aeh_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aeh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aeh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aeiC 8aejC 3eycS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AA1: Major allergen Can f 1

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.221, 88.221, 37.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Major allergen Can f 1 / Allergen Dog 1 分子量: 18915.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18873
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M CaCl2 in 0.1 M pH 8.5 Tris buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→44.11 Å / Num. obs: 3242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / B_iso Wilson estimate: 69.57 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 32.5
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / R_merge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / Num. unique obs: 512 / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.192 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EYC

3eyc

解像度: 3→44.11 Å / SU ML: 0.3672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.68 / 位相誤差: 27.3134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3011	267	4.71 %
R_work	0.2852	5407	-
obs	0.286	3242	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→44.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	852	0	1	0	853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4662	1154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0845	138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3344	303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.78	0.3063	131	0.2571	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-44.11	0.2992	136	0.2969	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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