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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aeh | ||||||
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タイトル | X-ray structure of Canis familiaris Odorant Binding Protein 1 | ||||||
![]() | Major allergen Can f 1 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Odorant binding protein | ||||||
機能・相同性 | von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schwartz, M. / Briand, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of dog odorant binding protein 著者: Glaz, M. / Schwartz, M. / Briand, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aeiC ![]() 8aejC ![]() 3eycS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18915.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M CaCl2 in 0.1 M pH 8.5 Tris buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978565 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→44.11 Å / Num. obs: 3242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 69.57 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 32.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / Num. unique obs: 512 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.192 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EYC 解像度: 3→44.11 Å / SU ML: 0.3672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.68 / 位相誤差: 27.3134 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→44.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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