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- PDB-8adm: Ternary complex of 14-3-3 sigma, Usp8pS718 phosphopeptide and sma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8adm
タイトルTernary complex of 14-3-3 sigma, Usp8pS718 phosphopeptide and small molecule stabilizer
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 sigma / Usp8 / small molecule stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / extrinsic component of plasma membrane / regulation of epidermal cell division ...regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / extrinsic component of plasma membrane / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / protein deubiquitination / mitotic cytokinesis / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / cellular response to dexamethasone stimulus / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / cellular response to nerve growth factor stimulus / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / regulation of protein stability / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Negative regulation of MET activity / SH3 domain binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / midbody / positive regulation of cell growth / Ras protein signal transduction / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / エンドソーム / endosome membrane / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / cysteine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. ...: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6C / 14-3-3 protein sigma / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Centorrino, F. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Systematic Approach to the Discovery of Protein-Protein Interaction Stabilizers.
著者: Kenanova, D.N. / Visser, E.J. / Virta, J.M. / Sijbesma, E. / Centorrino, F. / Vickery, H.R. / Zhong, M. / Neitz, R.J. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0363
ポリマ－27,5482
非ポリマー4881
水4,306239
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0726
ポリマ－55,0964
非ポリマー9762
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.095, 96.034, 79.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin- ...Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8


分子量: 1004.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1
#3: 化合物 ChemComp-O6C / 1-[2-(4-chloranylphenoxy)-2-methyl-propanoyl]-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-4-carboxamide


分子量: 488.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34ClN3O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M carboxylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate), 0.1M buffer ...詳細: 0.1M carboxylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate), 0.1M buffer system 1 (Imidazole; MES monohydrate) pH 6.5 and 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.84 Å / Num. obs: 34318 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.032 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1669 / CC1/2: 0.832

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YWT

1ywt


解像度: 1.7→39.84 Å / SU ML: 0.1795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9639 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1762 5.14 %
Rwork0.1847 32528 -
obs0.1866 34290 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 25 239 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10482629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.31881197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.29341140.2452461X-RAY DIFFRACTION98.28
1.75-1.80.25761430.23682443X-RAY DIFFRACTION98.74
1.8-1.860.26521490.22682439X-RAY DIFFRACTION98.52
1.86-1.920.27191160.22362466X-RAY DIFFRACTION98.74
1.92-20.27761330.21252462X-RAY DIFFRACTION99.05
2-2.090.23731360.20062505X-RAY DIFFRACTION99.21
2.09-2.20.22051320.18392472X-RAY DIFFRACTION99.35
2.2-2.340.19331460.17282487X-RAY DIFFRACTION99.55
2.34-2.520.23341210.1762545X-RAY DIFFRACTION99.7
2.52-2.770.21721620.18632472X-RAY DIFFRACTION99.66
2.77-3.170.22671420.18692538X-RAY DIFFRACTION99.89
3.17-40.21081360.17022558X-RAY DIFFRACTION99.96
4-39.840.20491320.17712680X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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