PDB-8adk: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from Drosophila melanogaster

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8adk

タイトル

Poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from Drosophila melanogaster

要素

Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

キーワード

HYDROLASE / PARG / POLY(ADP-RIBOSE) GLYCOHYDROLASE / ADP-RIBOSE

機能・相同性

機能・相同性情報

POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / female germ-line stem cell population maintenance / Cajal body organization / nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / maintenance of protein location in nucleus / regulation of RNA splicing / regulation of DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.474 Å

データ登録者

Ariza, A. / Fontana, P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Serine ADP-ribosylation in Drosophila provides insights into the evolution of reversible ADP-ribosylation signalling.
著者: Fontana, P. / Buch-Larsen, S.C. / Suyari, O. / Smith, R. / Suskiewicz, M.J. / Schutzenhofer, K. / Ariza, A. / Rack, J.G.M. / Nielsen, M.L. / Ahel, I.

履歴

登録	2022年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8adk.cif.gz	831.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8adk.ent.gz	531.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8adk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8adk_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8adk_full_validation.pdf.gz	518.7 KB	表示
XML形式データ	8adk_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	8adk_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8adk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8adk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8adjC 6hmkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

199 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
66.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.433, 115.622, 122.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.214, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 26 - 549 / Label seq-ID: 46 - 569

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Poly(ADP-ribose) glycohydrolase 分子量: 65993.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Parg, CG2864 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O46043, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 19% (v/v) PEG3350, 210 mM Na2SO4, 100 mM BisTris propane pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97958 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.458→59.025 Å / Num. obs: 88137 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.46→2.52 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6515 / CC_1/2: 0.579 / R_pim(I) all: 0.673 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6hmk

6hmk

解像度: 2.474→59.025 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.167 / SU B: 19.834 / SU ML: 0.204 / Average fsc free: 0.9554 / Average fsc work: 0.9702 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.229 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	4166	4.86 %
R_work	0.1771	81549	-
all	0.18	-	-
obs	-	85715	99.239 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.529 Å²	-0 Å²	-1.236 Å²
2-	-	3.181 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.482 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.474→59.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12552	0	70	277	12899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	12964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.016	11638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.895	1.644	17573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.653	1.55	27175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.813	5	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.115	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.051	10	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.647	10	642
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	14814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	11026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	6683
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.052	5.567	6204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.047	5.567	6204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.474	8.321	7746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.476	8.322	7747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.26	6.007	6760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.565	5.999	6741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.288	8.79	9824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.062	8.785	9795
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.864	65.596	13827
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.867	65.587	13806
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	17538
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	17626
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.074	0.05	17477

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07345	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07345	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06636	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06636	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07421	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07421	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.474-2.538	0.333	258	0.316	5660	0.317	6302	0.931	0.929	93.9067	0.318
2.538-2.608	0.346	333	0.301	5897	0.304	6244	0.923	0.941	99.7758	0.302
2.608-2.683	0.319	338	0.29	5662	0.292	6023	0.933	0.948	99.6181	0.286
2.683-2.766	0.331	269	0.274	5541	0.277	5832	0.932	0.957	99.6228	0.266
2.766-2.856	0.287	281	0.239	5394	0.241	5699	0.946	0.965	99.5789	0.227
2.856-2.956	0.293	259	0.203	5174	0.207	5450	0.948	0.974	99.6881	0.189
2.956-3.067	0.248	235	0.196	5055	0.198	5306	0.956	0.976	99.6985	0.181
3.067-3.192	0.249	281	0.198	4800	0.201	5100	0.958	0.976	99.6275	0.184
3.192-3.334	0.252	229	0.191	4638	0.193	4906	0.963	0.98	99.2051	0.18
3.334-3.496	0.239	203	0.195	4433	0.197	4666	0.967	0.98	99.357	0.185
3.496-3.684	0.231	221	0.184	4228	0.186	4459	0.971	0.984	99.7757	0.176
3.684-3.907	0.216	226	0.175	4024	0.177	4250	0.974	0.984	100	0.167
3.907-4.175	0.178	205	0.149	3714	0.15	3921	0.981	0.987	99.949	0.144
4.175-4.508	0.176	185	0.125	3543	0.128	3729	0.982	0.99	99.9732	0.123
4.508-4.935	0.19	148	0.136	3269	0.139	3419	0.98	0.989	99.9415	0.135
4.935-5.513	0.214	126	0.147	2958	0.15	3092	0.975	0.988	99.7413	0.146
5.513-6.357	0.224	137	0.15	2588	0.154	2727	0.975	0.987	99.9267	0.149
6.357-7.763	0.166	97	0.146	2241	0.147	2339	0.984	0.987	99.9572	0.148
7.763-10.885	0.154	81	0.112	1729	0.114	1815	0.987	0.992	99.7245	0.119
10.885-59.025	0.302	54	0.223	1001	0.227	1064	0.935	0.965	99.1541	0.267

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6255	0.1416	0.1233	0.45	-0.3673	0.5151	-0.1066	-0.012	0.0479	-0.0911	0.0031	-0.0476	-0.0668	-0.0192	0.1035	0.1539	0.0622	-0.0139	0.0875	0.026	0.034	3.0115	46.127	-45.121
2	0.8351	0.1026	0.6281	0.3557	0.5014	1.0362	0.0481	0.0008	-0.0852	0.0387	0.1324	-0.1338	0.036	0.0944	-0.1806	0.0629	0.0662	-0.0688	0.1292	-0.0858	0.1026	34.2756	34.203	-5.809
3	0.7419	0.0236	0.1565	1.1678	-0.3961	0.2346	0.0971	-0.0851	0.0584	-0.2003	-0.1557	-0.0362	0.1344	0.0249	0.0586	0.122	0.0594	0.0081	0.0922	-0.0371	0.0343	-25.907	5.1871	-31.5616

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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