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Yorodumi- PDB-8adk: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from Drosophila melanogaster -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8adk | ||||||
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Title | Poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from Drosophila melanogaster | ||||||
Components | Poly(ADP-ribose) glycohydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PARG / POLY(ADP-RIBOSE) GLYCOHYDROLASE / ADP-RIBOSE | ||||||
Function / homology | Function and homology information POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / female germ-line stem cell population maintenance / Cajal body organization / nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / maintenance of protein location in nucleus / regulation of RNA splicing / regulation of DNA repair ...POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / female germ-line stem cell population maintenance / Cajal body organization / nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / maintenance of protein location in nucleus / regulation of RNA splicing / regulation of DNA repair / heterochromatin formation / response to heat / carbohydrate metabolic process / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.474 Å | ||||||
Authors | Ariza, A. / Fontana, P. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Serine ADP-ribosylation in Drosophila provides insights into the evolution of reversible ADP-ribosylation signalling. Authors: Fontana, P. / Buch-Larsen, S.C. / Suyari, O. / Smith, R. / Suskiewicz, M.J. / Schutzenhofer, K. / Ariza, A. / Rack, J.G.M. / Nielsen, M.L. / Ahel, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8adk.cif.gz | 831.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8adk.ent.gz | 531.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8adk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8adk_validation.pdf.gz | 485.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8adk_full_validation.pdf.gz | 518.7 KB | Display | |
Data in XML | 8adk_validation.xml.gz | 58.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8adk_validation.cif.gz | 81.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8adk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8adk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8adjC 6hmkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 26 - 549 / Label seq-ID: 46 - 569
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 65993.641 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Parg, CG2864 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta References: UniProt: O46043, poly(ADP-ribose) glycohydrolase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 19% (v/v) PEG3350, 210 mM Na2SO4, 100 mM BisTris propane pH 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.97958 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97958 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.458→59.025 Å / Num. obs: 88137 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.46→2.52 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6515 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.673 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6hmk Resolution: 2.474→59.025 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.167 / SU B: 19.834 / SU ML: 0.204 / Average fsc free: 0.9554 / Average fsc work: 0.9702 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.229 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.609 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.474→59.025 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |