PDB-8add: Viral tegument-like DUBs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8add

タイトル

Viral tegument-like DUBs

要素

ATP-dependent DNA helicase

キーワード

HYDROLASE / deubiquitinating enzyme / ubiquitin / tegument

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Erven, I. / Abraham, E.T. / Hermanns, T. / Hofmann, K. / Baumann, U.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A widely distributed family of eukaryotic and bacterial deubiquitinases related to herpesviral large tegument proteins.
著者: Erven, I. / Abraham, E. / Hermanns, T. / Baumann, U. / Hofmann, K.

履歴

登録	2022年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8add.cif.gz	159.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8add.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8add.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8add_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8add_full_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示
XML形式データ	8add_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	8add_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8add ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8add	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8adbC 8adcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.010, 120.670, 34.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase 分子量: 24002.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: LOC108180207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R8QJQ6, DNA helicase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9747 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9747 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 37456 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.32 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.162 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 2724 / CC_1/2: 0.621 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4478	精密化
PHENIX	1.20_4478	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換 / 解像度: 1.9→42.37 Å / SU ML: 0.1445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6658
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2107	2783	7.43 %
R_work	0.162	34656	-
obs	0.1655	37439	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	0	158	1824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	1705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8484	2302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.5956	231

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.347	138	0.2754	1695	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.93-1.97	0.2334	140	0.235	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.25	149	0.2042	1744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2544	128	0.2017	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2173	143	0.1737	1734	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.09-2.14	0.2418	138	0.1584	1767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2193	139	0.156	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2105	138	0.1645	1768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.32	0.1883	139	0.1545	1726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.1801	147	0.1586	1726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.2221	132	0.1522	1773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.58	0.2132	133	0.1627	1714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.7	0.2055	140	0.1594	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.84	0.1883	138	0.167	1759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.02	0.2062	145	0.1612	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.25	0.2104	148	0.1612	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.58	0.1905	142	0.1504	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.09	0.1804	129	0.1437	1737	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-5.15	0.182	140	0.1312	1753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.16-42.37	0.2786	137	0.1833	1746	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.533327544469	-0.237877795855	-0.012556017301	0.356681099192	-0.474377794959	0.960327233764	2.23052499265E-5	0.0141663529128	0.03720191593	0.109843926265	-0.0984215357016	0.0458821046954	0.0921291420512	-0.0961815769008	-0.00113135605533	0.163972336085	0.00262065638521	0.00724433034617	0.159570251912	-0.0189391749477	0.183190749454	36.0193845286	10.7475493674	28.6155650616
2	0.233282683514	-0.0279575046386	0.0378476098125	0.158925562416	-0.0252450835466	0.19202883679	-0.086552080244	0.26563101164	0.0865235186401	-0.0726741774279	0.0750258137228	0.162284507605	0.155968619394	-0.298333499003	-0.00112376866135	0.227643702708	-0.00570523026678	0.00822261978825	0.246044873247	-0.00824702392798	0.200445194544	30.9964708444	19.9456180559	20.5906900643
3	0.00202994599025	0.0102129031434	0.00499922971512	0.0518136156634	0.0292482212364	0.0408581258229	0.177322593992	0.436744127357	0.245736377344	-0.394042376297	-0.170943830288	-0.07245892358	-0.263250034959	0.439555666947	-0.00190601797662	0.305141454777	-0.00208075134099	-0.00185210090315	0.36296442643	0.0842962863347	0.280896806486	50.0379106247	33.7456559259	12.5424922859
4	0.809081601038	0.321884134131	-0.102495078749	0.407986891556	-0.580791102357	1.0541916178	-0.0175186900417	-0.0327706650741	0.00529290392752	0.0414103880948	-0.0508491638019	-0.0492085855685	-0.0541030106256	0.154981191427	-3.26225875497E-5	0.154802662744	0.00972922528077	-0.0211135105097	0.181895824333	-0.00211849372275	0.182635696449	48.1414807731	21.8824261997	27.4189983799
5	0.116642239776	0.142747895453	0.0493910575418	0.302794282825	0.208613249121	0.173279507753	-0.112440824809	0.124842377874	-0.0565811655908	-0.0163572589539	0.00174517257272	0.120160642824	0.109314264415	-0.116068766407	0.000116984510168	0.207029282813	0.0220120526557	0.000157713655922	0.214448777359	0.00261250096634	0.19132203128	32.570947177	25.5545210868	24.8598843406

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 364 )	0 - 364	1 - 66
2	2	chain 'A' and (resid 365 through 400 )	365 - 400	67 - 102
3	3	chain 'A' and (resid 401 through 412 )	401 - 412	103 - 114
4	4	chain 'A' and (resid 413 through 497 )	413 - 497	115 - 199
5	5	chain 'A' and (resid 498 through 510 )	498 - 510	200 - 212

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)