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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8adc | |||||||||
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Title | Viral tegument-like DUBs | |||||||||
![]() | Viral deubiquitinating enzyme | |||||||||
![]() | HYDROLASE / DUBs / deubiquitinating enzymes / ubiquitin / tegument | |||||||||
Function / homology | Papain-like cysteine peptidase superfamily / membrane / PPM-type phosphatase domain-containing protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Erven, I. / Abraham, E.T. / Hermanns, T. / Baumann, U. / Hofmann, K. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A widely distributed family of eukaryotic and bacterial deubiquitinases related to herpesviral large tegument proteins. Authors: Erven, I. / Abraham, E. / Hermanns, T. / Baumann, U. / Hofmann, K. #1: ![]() Title: A structural basis for the diverse linkage specificities within the ZUFSP deubiquitinase family. Authors: Hermanns, T. / Pichlo, C. / Baumann, U. / Hofmann, K. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 207.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 443.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8adbC ![]() 8addC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.934260764915, 0.00337908583771, 0.356574543285), (0.00444118042566, -0.999987805235, -0.00215992982546), (0.356562896354, 0.00360154957283, -0.934264378955)Vector: -7. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.934260764915, 0.00337908583771, 0.356574543285), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 24281.262 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 24, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→80 Å / Num. obs: 81659 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 13147 / CC1/2: 0.535 / Rrim(I) all: 1.41 / % possible all: 98.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→51.06 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.622424792894 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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