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- PDB-8ac8: The nucleoprotein complex of Rep protein with DUE ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ac8
タイトルThe nucleoprotein complex of Rep protein with DUE ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*A)-3')
  • Replication initiation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Replication initiation protein Nucleoprotein complex Nucleic acid binding DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / Initiator Rep protein, WH2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Replication initiation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Nowacka, M. / Wegrzyn, K. / Oliwa, M. / Konieczny, I.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2017/26/D/NZ1/00239 ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Rep protein accommodates together dsDNA and ssDNA which enables a loop-back mechanism to plasmid DNA replication initiation.
著者: Wegrzyn, K. / Oliwa, M. / Nowacka, M. / Zabrocka, E. / Bury, K. / Purzycki, P. / Czaplewska, P. / Pipka, J. / Giraldo, R. / Konieczny, I.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Replication initiation protein
A: Replication initiation protein
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1274
ポリマ－64,1274
非ポリマー00
水5,891327
1
C: Replication initiation protein
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0632
ポリマ－32,0632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11360 Å2
2
A: Replication initiation protein
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0632
ポリマ－32,0632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.400, 85.310, 146.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

21A-372-

HOH

31A-416-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Replication initiation protein / Protein E / Protein rep / Protein F4


分子量: 29343.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: repE, E, rep, ECOK12F045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03856
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 2719.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, ethylene glycol, HEPES, halogens

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→36.85 Å / Num. obs: 79263 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.99 % / Biso Wilson estimate: 33.07 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.92
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Num. unique obs: 12422 / CC1/2: 0.431

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1REP

1rep


解像度: 1.6→36.85 Å / SU ML: 0.2999 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.0221
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 1988 2.53 %
Rwork0.2121 76610 -
obs0.2129 78598 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 334 0 327 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82775673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.5514701
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.45461270.43024954X-RAY DIFFRACTION90.47
1.64-1.680.41321380.38975385X-RAY DIFFRACTION99.44
1.68-1.730.40841420.36385418X-RAY DIFFRACTION99.8
1.73-1.790.35081410.32645441X-RAY DIFFRACTION99.84
1.79-1.850.33231420.28565469X-RAY DIFFRACTION99.82
1.85-1.930.27641420.26165441X-RAY DIFFRACTION99.91
1.93-2.020.28491420.25415471X-RAY DIFFRACTION99.95
2.02-2.120.29761420.23255494X-RAY DIFFRACTION99.95
2.12-2.260.25821430.21565495X-RAY DIFFRACTION99.95
2.26-2.430.24941420.21745485X-RAY DIFFRACTION99.98
2.43-2.670.26641440.20965538X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.060.24951450.21025570X-RAY DIFFRACTION99.97
3.06-3.860.20361450.18975608X-RAY DIFFRACTION99.98
3.86-36.850.21561530.18665841X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.205163594144 Å / Origin y: 20.4154722962 Å / Origin z: 0.528084942233 Å
111213212223313233
T0.201574691192 Å20.0308094389933 Å20.00220673330571 Å2-0.253834502072 Å20.0144120630881 Å2--0.280592038859 Å2
L0.0419424365568 °20.148673909001 °2-0.0171372250593 °2-0.861282933284 °20.456651789469 °2--0.848853726453 °2
S-0.0219043013923 Å °-0.00522704928218 Å °-0.0355938720481 Å °0.00101681858836 Å °0.00928853962632 Å °-0.00698439814453 Å °-0.0496834719511 Å °-0.0524172779613 Å °0.0144511642011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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