PDB-8ac7: Structure of Pseudomonas aeruginosa aminopeptidase, PaAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ac7

タイトル

Structure of Pseudomonas aeruginosa aminopeptidase, PaAP

要素

Keratinase KP1

キーワード

HYDROLASE / WT / Full-length

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Harding, C.J. / Czekster, C.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: An anti-biofilm cyclic peptide targets a secreted aminopeptidase from P. aeruginosa.
著者: Harding, C.J. / Bischoff, M. / Bergkessel, M. / Czekster, C.M.

履歴

登録	2022年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ac7.cif.gz	406.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ac7.ent.gz	325 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ac7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8ac7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8ac7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ac9C 8acgC 8ackC 8acrC 1tkjS 5ib9S 6hc6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Keratinase KP1

A: Keratinase KP1

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Keratinase KP1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Keratinase KP1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.952, 85.953, 98.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Keratinase KP1 分子量: 54973.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3ULB5

-
非ポリマー , 5種, 1346分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.2 M zinc acetate, 10 % PEG3000, 20 % 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→85.95 Å / Num. obs: 203540 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 1375192
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Num. measured all: 45920 / Num. unique obs: 8909 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.316 / R_rim(I) all: 0.736 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
xia2	3.6.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6HC6, 5IB9, 1TKJ

6hc6

5ib9

1tkj

解像度: 1.4→64.627 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1749	10041	4.94 %
R_work	0.1558	-	-
obs	0.1567	203411	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→64.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7226	0	61	1318	8605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	10144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.861	4253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1097
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1357

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4002-1.4161	0.3383	288	0.298	5509	X-RAY DIFFRACTION	85
1.4161-1.4328	0.2627	321	0.2638	6196	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4328-1.4502	0.2581	352	0.2422	6417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4502-1.4686	0.218	342	0.2128	6454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4686-1.4879	0.2366	329	0.203	6465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4879-1.5083	0.2175	353	0.1922	6461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5083-1.5299	0.2178	347	0.1886	6420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5299-1.5527	0.2139	368	0.1787	6467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5527-1.577	0.2102	281	0.1729	6499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.577-1.6028	0.1944	344	0.1655	6420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6028-1.6305	0.1871	329	0.1652	6495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6305-1.6601	0.2053	302	0.1651	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6601-1.6921	0.1843	328	0.1669	6514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6921-1.7266	0.1904	336	0.169	6400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7266-1.7641	0.187	355	0.1681	6449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7641-1.8052	0.1884	331	0.175	6519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8052-1.8503	0.1873	351	0.1713	6468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8503-1.9004	0.1911	358	0.1669	6447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9004-1.9563	0.17	340	0.1619	6489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-2.0194	0.1873	358	0.1595	6442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0194-2.0916	0.1828	323	0.1578	6527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0916-2.1754	0.1756	332	0.1531	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1754-2.2744	0.1682	374	0.1484	6431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2744-2.3943	0.1768	333	0.1496	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3943-2.5443	0.1747	322	0.1498	6535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5443-2.7407	0.1728	310	0.1477	6554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7407-3.0165	0.1827	324	0.1506	6516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0165-3.453	0.1486	315	0.1429	6576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.453-4.3503	0.1452	336	0.1324	6541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3503-64.625	0.1521	359	0.1444	6643	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6996	-0.6924	1.0131	1.3173	-0.2084	2.9752	0.0195	0.1687	0.1236	-0.0581	-0.0177	-0.1525	-0.152	0.1783	0.0276	0.1209	-0.0206	0.0315	0.1327	0.013	0.1345	4.3956	24.9441	-39.7413
2	7.1934	-0.5988	2.3479	0.4797	-0.3053	1.2589	0.078	0.4294	0.1806	-0.093	-0.0444	0.096	0.0001	0.116	-0.0263	0.171	-0.0089	0.0137	0.1188	0.018	0.1243	-21.8586	19.0566	-54.8775
3	2.3107	0.3568	-0.5349	1.1213	0.0781	2.3149	-0.0035	-0.0597	-0.0602	-0.0193	0.0021	-0.0309	0.0653	-0.0456	0.0014	0.0846	0.0024	0.0009	0.0777	-0.0145	0.0952	-34.4159	10.0941	-51.6081
4	6.2351	-0.6172	2.4039	0.1526	-0.0784	2.0316	0.0891	0.7159	-0.017	-0.0266	-0.0563	-0.0111	0.0235	0.2392	-0.0387	0.1502	-0.004	0.0029	0.0904	-0.0063	0.1191	-20.487	14.3316	-56.9375
5	1.1674	-0.4684	0.07	0.9463	-0.1637	1.0345	0.0065	0.0326	-0.0614	0.0236	0.0263	0.1015	0.0075	-0.0916	-0.0337	0.1101	-0.0038	-0.0015	0.1062	-0.0028	0.1024	-8.6925	18.1425	-32.5776
6	1.4407	0.137	1.307	1.0727	-0.2238	3.8957	-0.0398	-0.1185	0.0864	0.1062	-0.0033	0.1056	-0.2091	-0.1486	0.0444	0.12	0.0242	0.0268	0.0935	-0.013	0.1252	-52.494	18.9037	6.6611
7	6.3975	0.176	1.9407	0.1838	0.0647	1.1249	0.0348	-0.4628	0.2999	0.0495	-0.0106	-0.0431	-0.0231	-0.0428	-0.0135	0.1688	0.0023	0.0256	0.1441	-0.0455	0.1784	-26.9026	9.1118	19.5252
8	3	0.2419	-0.7227	1.1035	-0.0333	2.1384	0.025	-0.0186	0.0565	0.0249	-0.0017	0.0058	0.0948	0.0552	-0.0285	0.1009	0.0002	0.0001	0.082	0.0071	0.101	-13.7286	1.3972	14.4247
9	6.8912	0.0536	2.96	0.0611	-0.2213	2.3004	0.1727	-0.6537	-0.0294	0.0236	-0.0657	-0.0149	0.0807	-0.1572	-0.106	0.1503	0.0058	0.0109	0.0893	-0.0181	0.1407	-27.7595	4.213	20.5042
10	0.8101	0.113	0.1401	0.7653	-0.2027	0.9346	-0.0017	0.0262	0.0025	-0.0062	-0.0388	-0.0897	-0.0421	0.1728	0.0384	0.1061	0.0093	-0.0001	0.1215	0.0132	0.1137	-39.5102	14.1485	-2.1413
11	1.6029	-0.3276	0.9597	0.8666	-0.2722	1.3916	0.0308	0.0994	0.0014	-0.0532	-0.0488	-0.0881	-0.0225	0.1208	0.0054	0.1076	-0.0025	0.0328	0.1336	0.0217	0.111	-40.0482	12.333	-7.2081
12	1.4529	-0.0407	0.6994	0.5772	0.1113	1.3902	0.0201	-0.0737	-0.1248	0.0505	0.0298	0.0972	0.0539	-0.1191	-0.0605	0.1255	0.0077	0.0189	0.124	0.001	0.1164	-8.3018	14.5251	-27.9129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 44 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 106 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 144 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 257 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 282 through 477 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 44 through 105 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 106 through 143 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 144 through 256 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 257 through 281 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 282 through 477 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 478 through 536 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 478 through 536 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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ダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

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リンク

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集合体

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

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非ポリマー , 5種, 1346分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)