PDB-8abu: Crystal structure of NaLdpA mutant H97Q in complex with erythro-DGPD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8abu

タイトル

Crystal structure of NaLdpA mutant H97Q in complex with erythro-DGPD

要素

SnoaL-like domain-containing protein

キーワード

LYASE / lignin / dehydratase

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-LJU / SnoaL-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.661 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural characterization of a sphingomonad diarylpropane lyase for cofactorless deformylation.
著者: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / ...

履歴

登録	2022年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8abu.cif.gz	492.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8abu.ent.gz	394.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8abu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8abu_validation.pdf.gz	745.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8abu_full_validation.pdf.gz	750.1 KB	表示
XML形式データ	8abu_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	8abu_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8abtC 8abvC 8abwC 7xxxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SnoaL-like domain-containing protein

B: SnoaL-like domain-containing protein

C: SnoaL-like domain-containing protein

ヘテロ分子

86.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.384, 66.002, 107.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.675, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	A	A	8 - 241	8 - 241
2	2	1	LYS	LYS	B	B	8 - 241	8 - 241
3	3	2	TRP	TRP	A	A	8 - 242	8 - 242
4	4	2	TRP	TRP	C	C	8 - 242	8 - 242
5	5	3	LYS	LYS	B	B	7 - 241	7 - 241
6	6	3	LYS	LYS	C	C	7 - 241	7 - 241

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	SnoaL-like domain-containing protein 分子量: 28820.516 Da / 分子数: 3 / 変異: H97Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア) 株: ATCC 700278 / DSM 12444 / CCUG 56034 / CIP 105152 / NBRC 16084 / F199 遺伝子: Saro_2805 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G4I2
#2: 化合物	ChemComp-LJU / (1S,2R)-1,2-bis(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)propane-1,3-diol / (1S,2R)-1-(3-メトキシ-4-ヒドロキシフェニル)-2-(3-メトキシ-4-ヒドロキシフェニル)-1,3-プ(以下略) 分子量: 320.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 500 MME, 10% PEG 20000, 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, 0.1 M Imidazole/MES buffer pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.661→56.234 Å / Num. obs: 69923 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.661→1.804 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.144 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3497 / CC_1/2: 0.653 / R_pim(I) all: 0.467 / % possible all: 55.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XXX

7xxx

解像度: 1.661→56.234 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 5.036 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	3285	4.698 %
R_work	0.167	66639	-
all	0.169	-	-
obs	-	69923	79.105 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.674 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.197 Å²	0 Å²	0.14 Å²
2-	-	-0.037 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.207 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.661→56.234 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5709	0	23	647	6379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.642	8009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	1.586	12487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.385	5	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.549	21.959	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.429	15	943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.836	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	6802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.196	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.175	2.647	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.175	2.646	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.36	3.948	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.36	3.95	3511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.509	2.902	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.509	2.904	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.918	4.258	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.917	4.26	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.265	31.622	7125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.035	30.866	6913
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.067	0.05	7445
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.073	0.05	7287
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.07	0.05	7405

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06718	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06718	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07307	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07307	0.05009
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07036	0.05009
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07036	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.661-1.704	0.231	4	0.299	167	X-RAY DIFFRACTION	2.6279
1.704-1.751	0.291	37	0.257	918	X-RAY DIFFRACTION	15.0678
1.751-1.801	0.276	97	0.247	2090	X-RAY DIFFRACTION	35.6073
1.801-1.857	0.291	196	0.247	3900	X-RAY DIFFRACTION	68.2212
1.857-1.918	0.258	276	0.242	4829	X-RAY DIFFRACTION	87.7751
1.918-1.985	0.264	258	0.228	5237	X-RAY DIFFRACTION	97.3083
1.985-2.06	0.242	276	0.205	5138	X-RAY DIFFRACTION	99.7605
2.06-2.144	0.223	230	0.185	4985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.144-2.239	0.222	236	0.169	4751	X-RAY DIFFRACTION	99.9799
2.239-2.349	0.196	221	0.162	4588	X-RAY DIFFRACTION	99.9792
2.349-2.476	0.191	212	0.153	4346	X-RAY DIFFRACTION	99.9781
2.476-2.626	0.192	216	0.15	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.626-2.807	0.193	176	0.152	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.807-3.031	0.192	185	0.158	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.031-3.32	0.192	153	0.162	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.712	0.203	139	0.156	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.9049
3.712-4.285	0.151	136	0.14	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.285-5.246	0.168	113	0.133	2280	X-RAY DIFFRACTION	99.9582
5.246-7.409	0.209	93	0.178	1770	X-RAY DIFFRACTION	100
7.409-56.234	0.24	32	0.201	1022	X-RAY DIFFRACTION	99.5279

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6458	0.1124	0.0134	0.0427	-0.0076	0.0048	-0.0155	0.1074	0.066	0.0241	0.0101	-0.0058	-0.0119	0.006	0.0054	0.0351	-0.0048	-0.015	0.0319	0.0188	0.0267	31.9059	1.0767	24.8415
2	0.2348	-0.1655	0.0082	0.185	-0.0271	0.0072	0.0184	0.0472	0.0049	0.0059	-0.002	0.0544	-0.0042	-0.009	-0.0165	0.0191	0.0091	0.0074	0.0294	0.0255	0.0544	7.1499	-3.0182	24.3983
3	0.2773	-0.0631	0.0094	0.2587	-0.021	0.0056	0.0193	0.0378	-0.0942	-0.0273	-0.0096	0.0093	0.0098	0.0074	-0.0097	0.0252	0.0097	-0.0136	0.0189	-0.0219	0.0389	22.6769	-22.1993	25.0352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	8 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	3 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	7 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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